抗日战争期间，和沦陷区相比，四川是个相对比较稳定的地区。但是，南京国民党政府迁至重庆，统治力量加强。真耶稣教会总会迁重庆，加强了真耶稣教会在四川传播的力量。沦陷区不少民众逃难到了四川，在水深火热的民族矛盾和阶级矛盾中，为真耶稣教会在四川的发展，提供了极为良好的土壤。
前面已经说到一九三三年，总会同意湖南成立了以黄以利亚（曙光）为首的灵恩布道队。先到了宜昌，“圣工大开”。布道队又派汤志场同任（？伍）兴海两人入川，一九三五年黄晓光也入川帮助。首先“拣选”了重庆市市长张必果的夫人，于是“非常神奇不断显现”。当时最为兴旺的是在四川广安。不到一个月加入真会的就有一百八十余人。但“四川帮会团结排外，诬告本会施洗祈祷为邪术。县长怕他们的势力，又加上级政府没有加以有效的保护，未熟的果子被大风摇落下去了。”已见前述。
广安真会被封闭之后，《卅年专刊》载，真会总会（时在上海）于一九三七年八月六日呈文内政部，报告“广安本会近被解散不准集会”，并要求“呈请通行各省市切实保护。”内政部发“礼廿一－－廿六年八月廿四日发00九四六号复文”作出处理。称“已援情咨请四川省政府查明保护矣”。至于“所请通令各省市切实保护一节则应毋庸议”。
此事发生在上海八·一三事变前后。八月六日，上海总部为广安事件呈文内政部，八月二十四日内政部批文下达。虽然如此，从记载看，广安真耶稣教会被县政府封闭之后，直到一九四七年亦未能恢复。
一九三六年十二月，上海总部举办第四期神学会，四个月，四川参加的学员有何马利亚、辛循光、邹马可。回川以后努力“为主工作”。但重庆的情况，原来市政府那部份人离开了重庆。原来又没有买下地方，有力量的人又不多，所以直到抗战爆发时，四川虽然还有重庆一处真会，但人数不多，力量也不大。
抗战爆发，吴约翰全家由南京入川，“住在重庆七星岗真会的楼下。四层楼房与教会各占其半。可是十居八九的费用，都由吴赞生长老全家负担了。”
《卅年专刊》说 ，在总会迁渝之前，曾先派酆荣光执事住持渝会，但没有记载详细情况。后来，一九四七年在十一次全大上，酆荣光的报告中，说明了一些。见《真耶稣教会圣灵报》第一卷第一、二、三期合刊。说是一九三七年“全大”（当为第十次全大）之后先到的湖南，在湖南工作。“迄二十九年（一九四零年），奉调至重庆工作。忆初去时，正适敌机肆虐，轰炸频仍。凡属同灵，均感痛苦。加以会堂三次被毁，全体同灵均陷于万难交迫情势之下，实感无法复兴。幸蒙主恩，藉全体同灵，百折不挠之尚勇精神，竟于三十年（一九四一年）冬，重建会堂，恢复聚会，灵工大作。各省难胞均至该处聚会。总会交（？，又）得该处相当援助。职为推广真道计，并先后至川东、西、南、北各有本会之地，予以援助工作，均甚圆满。尤其川北，灵种广布，信者繁多，极为发展……。”酆荣光介绍了渝会艰难困苦的情景，教会迅速发展的态势，由于是在大会上的发言，只能概括，而不能详细介绍。
而渝会同总会的相互支援，《卅年专刊》的介绍反倒更详细一些，虽然也是概括。说是，总会于一九四四年迁到重庆以后，对于“渝会圣工”随时扶助。而渝会又帮助总会。因为总会初迁重庆时，人手稀少。渝会的负责人又把一切力量贡献给总会，“有谋同商、有事同劳、有钱同用”。总会工作因而顺利，“渝会灵工也渐渐兴起”。
四川的情况，由于重庆教会和总部在一起，有些情况很难区分得清清楚楚。在十一次全大上，魏以撒的发言应当既涉及总会，也涉及渝会。请参见本编第一章第二节。
在第十一次全大上，四川代表郭子民报告四川情况时，则如是说：“四川教会开创于廿五年（一九三六年，误，当在一九三三年，见前述），经黄以利亚执事率布道队到川。廿六年（一九三七年）吴约翰全家到重庆扶助教会。俟后，宜昌回川之杨公正到川北、恩施教会迁川南之信徒到南溪，于是三方而会合成立驻渝办事处。由吴执事、酆荣光及兄弟负责。”由此，四川当地教会的骨干应为三个人：郭子民、吴约翰、杨公正。
四川各地的真耶稣教会，据《卅年专刊》所载，大体上可以分为四大区域：
1、川东区。奉节县有两处。这是“在大艰难中产生的。”在民国二十七年（一九三八）冬，黄曙光、王永生、戴义民等带领宜昌的灵胞逃难路过奉节县时，黄曙光同奉节的慈幼协会接洽创办难童教养院，黄被委任为院长，于是乘机创办了教会。
2、川西区，在南溪县境，以致于附近的古宋县、泸县、宜宾一带。
在民国廿九年（一九四零）日寇侵至湖北恩施。在荣军教养院的“本会灵胞”，据政府命令西迁，到了南溪。这一支日渐发达，还举行了献堂典礼，总会还派遣董玉林执事前往参加。在南溪起过重大作用的王重光，他深谋远虑，日夜不懈。“主又拣选了多人在各地服务，某长老（？）也前往作他们的帮手。曾开办神学讲习会一次。每次布道大会曾有三百人聚会。计在南溪一处受洗的已有四百多人，十一样灵恩无不全备，哈利路亚！”
3、川北区。在川北“播种灵种”的是杨更(公)正。他是在宜昌“蒙恩”的。到川北播撒了真耶稣教会的“灵种”。在一九三八年的五月及八月先后创立西充的才桥和仁和场两处教会。不过，后来他“因为缺少灵界经验，竟受了邪灵的迷惑”，于是“川北本会就受了无形的打击。不过灵种是已经种下去了。”
此后，又有梁约瑟执事从重庆前往，以仁和场为起点，渐次向四周发展。不过，这又是后话了。
4、川中地区。就在重庆左右。《卅年专刊》除前述有关情况而外，其他所知情况都在一九四七年了。
在一九四七年第十一次全国代表大会上，酆荣光、郭子民的发言，都涉及到抗日战争时期的四川真会。（见《真耶稣教会圣灵报》第一卷第一、二期合刊，纪念卅周年和第十一届大会专刊）郭子民所说只有概略，酆荣光则有稍为详细的介绍，重点则在重庆。谓：“迄（民国）二十九年（一九四零）奉调至重庆工作。忆初去时，正迨敌机肆虐轰炸频仍，凡属同灵均感痛苦。加以会堂三次被毁，全体同灵均陷于万难交迫情势之下，实感无法复兴。幸蒙主恩藉全体同灵百折不挠之尚勇精神，竟于三十年（一九四一）冬季重建会堂，恢复聚会。灵工大作，各省难胞均至该处聚会。总会交（？又）得该处相当援助。职为推广真道计，并先后至川东、西、南、北各有本会之地予以援助，工作均为圆满，尤其川北灵种广佈信者繁多，极为发展。”
以上四个区域，在这个阶段，现在能找到详细记载的,只有《卅年专刊》所载川北的状况。在民国三十六年（一九四七）三月卅一日川北联席会的代表王雅各，出席在重庆召开的四川省支会成立大会时作了一个报告，报告了川北真耶稣教会的发展史略，其概如下：
民国二十七年（一九三八），杨公（更）正在宜昌“蒙恩”，随即返回西充县复兴场本乡。在乡“禁食三十九天，立志传道”。与李雅各耀久等共同建立教会于西充天桥场李耀久家。后二人到西充县传道，被县政府拘禁两月有余。出狱后，又传道三年，杨“被主接去”。李耀久在四乡苦传，嗣后“圣工”发展甚快。谢光才、谢光武两位到重庆真会接梁玉根（约瑟）传道到西充帮助。梁很能吃苦，工作非常努力。重庆酆荣光执事也曾两次到西充帮助，教会根基逐渐稳固。杨公正的父亲杨香宸（亚伦）亦领洗传道。杨香宸系前清文生，“德学兼优”，虽年已古稀（一九四七年时已经七十八岁），亦不避寒暑，长途跋涉，扶杖“遍传福音”“令人感奋不已”。“其《圣经》之熟，当算为川北传道中之第一人。”民国三十年（一九四一）“圣灵动工”，即先后开创仁和、双江两分会。会务日繁，遂经会友代表大会议决，依照会章成立真耶稣教会西充办事处于西充仁和场。至此，方始建立“川北圣工根基”。当时的负责人有：何奠安、杜有农、王在兹、庞积成、谢光才、谢光武等，“颇努力捐助，推动川北一带圣工。”民国三十四年（一九四五）六月，组织布道队到南部开创教会，“圣灵大大动工（此时雅各在此开创，与王树生同工），救恩普遍川北西南盐三县。神迹奇事，所在皆有。”
一九四六年，因为“圣工发展甚速”，遂召开川北理监事会议。议决遵照总会及国民党政府的规定，把原来的西充县办事处改组为“真耶稣教会川北联席会”，会址设在西充县仁和场徐家祠。除呈报总会备案而外，又向西充县政府备案，县政府批准指令存卷。
这一年（一九四五）春季，理事李洪联、张耀武、喻在容等热心提倡，修建“圣殿”一所。在南部西门外车站上面。按一九四七年的物价指数估计，约值四百余万元。教堂前约一百码即为川陕公路，地势雄伟，可以俯瞰全城的风景。
在这个阶段，真耶稣教会在四川的发展过程中，也出现过“邪灵”的干扰，除前述杨公正（更正）而外，还分离出来一个“天母会”。
据《卅年专刊》载，天母会创始人为戴藏珠。江西人，女，年约四十。幼时曾念过一些儒家典籍，作过女相士。其夫为真耶稣教会的王某，所以知道真耶稣教会。民国廿八年（一九三九）秋，某传道人（？）从武汉飞到重庆的时候，她受了洗。时间不长，她就疯狂起来。她在加入真耶稣教会以后“没受灵洗”，遂辞去保育院教员的工作，与其夫到青木关求圣灵。她说她曾禁食四十天，在旅馆中同主耶稣结婚。说自己才是教会，只有她才是真正的新妇。据《圣经》上所说男与男行可耻的事是犯罪的行为一句话，大发议论。（内容无记载）。说什么教会既然是新妇，新妇必是女人。但女人很多，只有她一个人才是。况且各国都尊天父，不知有天母，人类怎么可以有无母之国呢？有母，则为我戴藏珠。并不再与其夫同寝。说什么：“我良人主耶稣时常和我同寝，所以我不敢再与王先生同寝了。”
戴藏珠夫妇二人遂挂起大十字的招牌，云游治病。每人挂号费一元，先由她给病人祈祷、按手，然后由其夫给药医治。在成都下监牢四十七天。又从四川徒步走到宝鸡，“想迷惑那位给她施洗的人。辩论问难的日子已经多了，仍是两不相服。幸有神权判断真假，才使她们离去了。前后有十余人曾追随她。
一九四零年，宝鸡一带大旱，麦子都要干死了，“全教会请求某传道人为他们求雨。圣灵就预言说：‘十天内必降透雨’。于是同朱西拉、黄提摩太、陈谢尘等天天禁食祈祷，以灵锥钻透铜天［6］，
蒙主许可，当众宣布那句预言。
那位自称天母的也当众说：‘若是你们承认我天母，六天就下雨；若不承认我是天母的话，六年也不给你们下雨了。叫你们丢人！使你们好好认识我。’
那位得启示的人又当众问她说：‘若在十天之内下雨呢？’她说：‘若下了雨我就去吊死。’
到了预言的第九天的下午，天油然作云，沛然下雨，滂沱如注，欢声雷动。”
第二天早晨，有些好事的人就手中拿了绳子找到戴藏珠，问她上吊不上吊，这儿有绳子。她当然不敢作声，“但没有悔改的表示”。雨住了，她也就走了。后来又到过西安、到过河南，无人接受她的传道，后不知所终。不过，她虽然如此，“除了谬解经义之外”“口中没有毁谤个人的话”。她的丈夫王彼得也是如此，口中不毁谤人。他对某传道人虽然很好，但“因为他犯了大罪危害主的教会，也不能叫人不防备她。”
据《卅年专刊》统计表，在抗战期间四川新建的分、区会有：一九三八年五月，杨公正等创建大桥场区会；八月，杨公正又创仁和场区会。一九四零年九月，王永生创奉节分会。一九四一年正月熊玛拿西等创建南溪分会。一九四五年七月，王雅各等创流马区会，王雅各又创南部分会。一九四四年十月，梁玉根创双江镇区会。