到一九四五年四月，国民党政府社会部在真耶稣教会总会迁渝立案文件审阅完毕之后，又别生枝节，要真耶稣教会在命名之前冠加“中国”二字，引发一场文件来往官司，到五月二十四日，社会部才正式下发给真耶稣教会以立案文书。
“社会部指令 发文组四字第一零三六五零号
中华民国卅四年四月初三日发出令真耶稣教会总会
呈一件，为呈报办理内迁及调整组织，经过析鉴核立案由
呈件均悉：查该会应冠‘中国’二字，其余大致尚合，准予立案。除图记另行刊发外，合行发给社字第一八九号立案证书一纸，仰即遵照收执。再该会驻渝办事处图记应即截角呈销，并仰遵照此令。件存
附发立案证书一纸
部长 谷正纲”
社会部要求真耶稣教会冠以“中国”二字，并未事先征求意见，而直接以社字第一八九号立案证书一纸发给了真耶稣教会。为此，真耶稣教会总会于四月四日召开总会职务会议，全体反对，遂以总字第四十八号呈文，请求免冠“中国”二字。所述理由如下：
一、社会部在中华民国卅二年三月组五字第四三三三三号命令内迁时就已有原始名称，是奉令“调整组织”，不是新立的人民团体。更没有经真会全国代表大会通过，更改名称，似为不可。
二、真会是由国人发起，过去在全体大会时也有人曾提议应加“中华”或“中国”字样，以为推崇我国之意。但大会经讨论后遭到了否决。以为“加增中国或中华字样，反使外国教徒不能归化本会。是欲荣其名，反损其实。根据当把‘真道传遍天下’之教训，故在真会原有的规章细则中，第一条即规定本会名为真耶稣教会。不论何国何地，不得在其上增加国际字样，以免分歧之弊。”
三、真会在实际上已经由东徂西，在美国、印度、南洋、台湾、朝鲜、日本已经开创教会数十处之多。如果用冠以“中国”二字的总会发号施令，势必引起民族隔阂，失去领导地位。或者会使原为一体的总会有分崩离异的后果。
四、在办理总会内迁过程中，上海理事会曾有“在上海为国际总会，重庆为中国总会”的意见，通告驻渝办事处。驻渝办事处当即以此意见呈请社会部立案，而社会部当时的意见是先办内迁手续并依法调整组织之后再说。如此，魏以撒奔走各地，飞奔来渝，各地支会一致同意内迁。今天又反而要加“中国”二字，是不是仍然承认上海为真会的国际总会呢？
五、西方人讥讽我国敬拜偶像不明基督真道，乃不惜人力物力来华传道，其教会名称都没有冠以国名。而真会是属“圣灵”的教会，研求真道，至为真实。“而西国人只知圣经浅识，已觉瞠乎我后，若本会再冠以‘中国’二字，岂不尤为西人所笑？再本会原有全体总会，将来或有洲统会、国领会之系统；属于中国者将有中国领会之组织。此次奉令内迁之总会，实全世界之总会。但以华人发起，全总会之设立，固永不能离开中国之境也。奉令前因，拟恳准予不加‘中国’二字并赐以‘真耶稣教会全体总会’之立案证书与印信，以符事实。”
坚决反对冠以“中国”二字。社会部遂于五月发文准予维持原名，并重新更换了立案文书。社会部的指令为发文组四字第一零六四一八号，于中华民国三十四年五月二十四日发出。
准予维持原名，免冠“中国”二字。
并准换发社字第二零四号立案证书一纸及图记一颗。
签署文件的是部长谷正纲。
此后，六月十一日社会部发文组四字第一零七二二三号指令，准予启用新图记备案，八月三十一日内政部以渝礼字第零八七四号批令准予内迁备案，附发宗教团体工作月报表式一份。九月十日，魏以撒呈工作月报表。十月一日，内政部准予备查。