为什么要清除张巴拿巴?对于真耶稣教会广大的信徒而言，应该是个非常重要的问题。然而，凡笔者所接触到的信徒也好，还是长执也好，都不甚了了。所重复的都是《卅年专刊》上的说法：张巴拿巴冒充真耶稣教会的创始人。
张巴拿巴冒充真耶稣教会创始人是不是清除张巴拿巴的原因呢?当然是！但从资料记载来看，不是唯一的原因，还有另外一个原因，而且应该是更为重要的原因。
先看一看《卅年纪念专刊》关于为什么要清除张巴拿巴的说法。
在第四集《最高权力机关》第七次代表大会（原来称为六大）的“补记”中说：“在第六次（原来称为五大）全大的决议会中，虽然南方的代表们听了一面之词：‘根据张灵生与张巴拿巴的自述，暂定真耶稣教会发源于中国之山东’。但在当时已露了马脚，有思想有学识的长执们，不能强制他们的心灵去勉为接受，于是开始搜集史料，经过慎思明辨的工夫，已知上了大当，受了二张的愚弄。由黄呈聪、郭多马等公开向张巴拿巴提出，要当召开全体代表大会，召集北方代表也来参加，对本会历史作一全面详尽的考查。张殿举立即面红耳涨的说：‘若考查我的历史么！应当先到耶路撒冷考查考查耶稣的历史’。不久，张即潜逃香港，私刻总部图记，声言总部迁港。但此时召集大会的通函已经发出，各省代表也如期到临……魏以撒长老……在大会代表会中起草，发表了长约七千言的‘本会发源见证’……竟然把上次大会的暂定推翻了……。”
一九四四年，总部奉国民党政府之令内迁重庆，在向政府要求立案的呈文中，提到这一段历史时是这样说的：“迨至民国十九年（一九三零）间，台湾本会长老黄以利沙氏乃一博学笃信之人，为一法律学者。经数年间搜集本会各方面之历史材料，加以整理，即判断本会之发起人非为张巴拿巴，实为魏保罗氏。乃召开第六次临时代表大会以清查本会发源之历史。……而张巴拿巴得讯遁逃香港……。”此处之“六大”，即后来改称为“七大”者，召开于一九三零年。
上引《卅年专刊》的说法，就清查历史发源的“过程”而言，同《十周年纪念专刊》所记相比较，没有错误，问题在于，《卅年专刊》把清除张巴拿巴的“原因”则只归于一个：张巴拿巴冒充真耶稣教会的创始人。只说明张巴拿巴之所以潜逃香港、私立总部是清查历史发源的结果。根本看不到还有什么其他原因。
再看一下《卅年专刊》第十集《异教之风》中的 “张巴拿巴与中华真耶稣教会”一文。这是专为张巴拿巴所立之传。其中关于开革张巴拿巴是这样记载的：
“十八年（一九二九）九月开第六次临时全体大会，又被选为总部负责之一，是年十月，二次奉派到广州去。
十九年（一九三零），他见大会议决实行本会发起的历史，就在香港，私立总部，反对规章，破坏大局。第七次大会于是年五月一日在沪召开，将他革职除名。南北又合而为一了。”
这个盖棺论定的结论，除清查历史发源之外，根本看不出还有什么别的原因。不过，其中有一句非常关键的一句话：“反对规章”。然而，《卅年专刊》没有对这一句话进行过任何阐述，没有组织过任何相关文章或原始资料，来说明这一点。甚至张巴拿巴反对的是什么样的规章都没有说明，也没有将所反对的规章列入《专刊》的内容。虽然它全文转载了最初南方总部对张巴拿巴所作判文。
关于《卅年专刊》是如何看待张巴拿巴被清除的原因的，在这里，还只能作以上简单扼要地叙述，下面，将随着历史的进程的发展，逐步补充完善，说清楚。