一九四六年六月，国民党发动全面内战，各地出现许多军队强占、滋扰教会的事件。为此，真耶稣教会总会要求政府下令保护教会。
总会最早的呈文，在《卅年专刊》上，现在能找到的是民国卅六年（一九四七）六月四日，总会给社会部的呈文：“呈请准转咨国防部颁发教会圣地严禁驻军文告，以资保护”。七月二十四日，又呈内政部“恳转咨国防部颁发文告以准教化”。参谋总长陈诚饬令陆军总司令部郑州指挥部查明核办五十六师一百六十三旅四百八十八团二营六连一排排长强占河南支会会堂事，只是处理结果如何未见记载。十一月，国防部颁发了禁令告示如下：
“国防部部长白 教会重地
勿得滋扰”
“国防部部长白”，即白崇禧。
此时已是一九四七年末了。之后，战局的发展日趋明显，国民党政权败亡之势已不可挽。总会如何打算，如何应变，没有找到记载。《真圣报》又一律不许发表关于时局的文章。现在能找到的关于时局的反应，只有广东真耶稣教会曾要求总会迁往广东，以及湖南刘钧安曾发表了关于时局的一首诗，两者均见于后述两处真会的概况介绍中。而总会作出对战局反应的唯一的一条记载是，《真圣报》第三卷第一～二期（一九四九年二月十五日发行）发表一条要求各地实行禁食、举行圣餐的通告。其文谓：
“宣告禁食 纪念主死
恳求和平 广传真道
阿门 哈利路亚，奉主耶稣圣名函达中外各地本会
诸位长执传道理监父老灵胞圣鉴：兹郑重宣告，于本年四月六号日落至七号日落之主耶稣受难日，一体禁食。并于七号举行圣餐大典，专为纪念主死，恳求和平、广传真道二大目标共同祈祷。敬请各支区分会灵众，互相转告，期能全体明晓实行为盼。
真耶稣教会总会谨布”
一九四九年四月二十三日，南京易手，国民党政权在大陆的统治宣告结束。在这个情况下，真耶稣教会总会在“恳求和平，广传真道”，举行了在国民党政权统治之下的最后一次全体圣餐。这个时候的“和平”，只能使国民党政权得到苟延残喘的机会。