一八九四年，甲午战争，清政府战败。次年四月十七日，签订丧权辱国之马关条约，割让台湾、澎湖给日本帝国主义。爱国志士邱逢甲、刘永福等人领导台湾人民顽强抵抗日军，十月十九日，高雄、台南等地被日军攻占，台湾全境沦陷。一九四三年十二月一日中、美、英三国签署《开罗宣言》、一九四五年七月二十六日，中、美、英三国（后苏联也参加）《波茨坦公告》明文规定台湾、澎湖列岛必须归还给中国。一九四五年八月十五日，日本无条件投降，我国收复台湾主权。当年十月二十五日，中国政府正式接收台湾。
一、一九四五年光复后，到一九四九年初台湾各地所建真会教会：
现中南部教区云林县的虎尾：虎尾的信徒在没有祈祷所之前，每安息日都要往埔姜崙（今褒忠）教会做礼拜，平常则在灵胞家中轮流举行家庭聚会。一九四六年一月一日，日人中岛信夫将自己的住宅提供为祈祷所，即光复路四八零号旧会堂。一九四七年十一月二十五日，虎尾灵胞与埔姜崙教会合并，正式成立“虎尾教会”，当时信徒共二百六十三人。以上为《台湾传教五十周年纪念》一书的说法。《真圣报》第一卷第六期（一九四七年十月十五日发行）则谓虎尾区会成立于十月四日，当时人数只六十五人，会堂乃租用者。教会工作人员有蔡文徽、陈余泉两执事；常务理事为陈余泉，理事有蔡女泽，监事为陈世家。《台湾传教五十周年纪念》未记前一阶段的情况。之后，日渐发展兴旺。《台湾传教五十年》说“所属信徒分布之广，可谓冠乎全省各地教会之上。包括：虎尾、土库、西螺、斗六镇，并褒忠、东势、元长、古坑、莿桐乡等，共计十一乡镇。”
高雄：一九四零年，陈克忍执事一家由台南迁居于此。数年后，又发现台南迁去“灵胞”数人，于是开始在陈克忍家聚会。一九四六年，清水教会詹灵爱一家也迁到高雄。信徒日渐增加，遂在安息日下午做礼拜。一九四七年，陈克忍迁居鼓山区“协隆兴维他命厂”宿舍，遂借宿舍为聚会所。一九四八年正式建立教会。当时信徒只得四五十人。
东南部台东县
美和：在台东县太麻里乡美和村。村民大部份为阿眉族同胞。前面已经提到，台湾光复以前，溪湖教会的信徒阮钱杉被日军征集到美和村的畑野部队服役。由于他的影响，林太郎、赖贵发等人“归真”，阮为他们六人施洗，并受“圣灵”。不久，二战结束，阮钱杉回家。而在美和村信仰“真道”者逐渐发展到一百八十人。于是翻越中央山脉往溪湖找到阮钱杉。阮遂带领他们到台湾支部，支部遂派王永生执事到美和村工作。一九四六年，呈报支部，成立台东县第一处教会，也是阿眉族首立的教会。在美和村荒野路四七号。
大桥：在台东县卑南乡南荣村大桥九七号。大桥教会是现在的教会名，其先为“卑南教会”，再之前则在台东宝桑。一九四六年五月中，宝桑伍金叶（女）到美和村访亲，受到“真道”影响。回乡后向五家亲戚见证，其中三人患奇病无药可医，信主后得了医治。于是五家亲戚全部归了“真道”。信徒增加到约六十余名，无会所，只得家庭聚会。一九四八年，台东水灾，遂迁到卑南村，同心建立简陋会堂。后来在一九五五年名为“卑南教会”，一九七四年才改为大桥教会。
都兰：台东县东河乡都兰村都兰路二七五号。据《台湾传教五十周年纪念》统计表,于一九四七年一月五日创建。而在教会沿革中未提及此事。是一九四五年美和耶和华教士王明义“归真”之后，传入都兰村的。治好了其耶和华教友王主飞，影响不少人“归真”。第一次施洗有七人，不到半年有三十余名信徒。但由于祷告方式被外邦人指称为“疯颠耗子”，被藐视、辱骂。一九四八年，信徒又坚拒村中每年祀祖与丰收节之狂欢盛典，引起村民公愤，严厉攻击。不得不暗中聚会。但也免不了牢狱之灾。一九四九年，信徒日增，不顾外邦人迫害，建造了十五坪茅草会堂。
隆昌教会：在今台东县东河乡隆昌村隆昌一零一号。《台湾传教五十年纪念》统计表说建于一九四七年一月五日。这是前面提到过的美和村的林太郎，在日本军中服劳役之际，得识彰化溪湖村真会信徒阮钱杉而得到了“真道”。之后，向隆昌村的亲戚林进德见证，随即接受。一九四五年十月到一九四七年九月间，林太郎常住林进德家，主持家庭礼拜。邻近的亲戚们纷纷前来参加。一个月之中，就有九十人受浸归入真教会。期间，一九四六年时，受村内不信者迫害严重，常被抓去殴打，迫使放弃信仰，阻挡聚会。然而信徒们“圣灵的大充满”，绝不退缩，依然坚持，更加热心聚会。一九四七年一月，呈报总会成立隆昌教会。在林进德住宅北面，建一栋竹造盖茅草的会堂。当时信徒已近二百名。革除吸烟、喝酒、吃槟榔、男女共舞之恶习，相爱互助，生活大得改善。
丰田教会：在台东县成功镇信义里丰田路七七号。《台湾传教五十年纪念》统计表说，建立于一九四九年二月一日，但无沿革介绍，只能付阙。
和平教会：在台东县成功镇和平里延平路二四号。《台湾传教五十年纪念》统计表说建立于一九四七年一月五日。与都兰县建立时间相同。一九四五年十二月二十八日，在成功电力公司工作的蔡庆火一家四口“相信真道”。回本村作见证。他原来也行过邪术，当众把行术的东西丢掉，却未受害，大家觉得稀奇，村民才开始领悟真道。随即就有四户相信领洗，开始实行家庭领拜。郑赤伊（忠仆）执事常到和平传道，参加家庭礼拜。不久信徒增多，达一百二十三人。一九四九年，决定建筑祈祷所。在准备中，遭到了严重迫害，而信徒反倒更加增多。在一九五零年九月九日，正式成立教会。正式立会的时间，历史沿革中的说法同统计表中不同。不过，既然一九四五年“真道”已经传入于此，作一记录，亦不为过。
成功教会：在台东县成功镇三民里三民路五八号。《台湾五十年》统计表亦作一九四七年一月五日创建。这还是蔡庆火的功劳。一九四五年九月，他在美和听到“真道”后，回到新港，传给全家二十位一同信主，同年十月又有七家信主。十二月初旬，第一次洗礼，中旬又举行第二次，下旬举行第三次，信徒增加到八十八人。“但信主之人‘放弃祖先传下来的习惯’，部落长老知道了，就迫害信主的人。这是第一次迫害。”一九四六年三月间，行第四次洗礼及第一次洗脚礼和圣餐礼。而迫害更加加剧。到一九四七年三月初，虽然迫害日益严重，但信徒数也日益增多。以前是“新港”同“麒麟”合在一起聚会，信徒增加就开始分开聚会。十一月，新港计划建堂，警察当局不允，计划不成。一九四八年一月间，在忠智里内找到地皮，二月十日建成简陋茅草会堂，行献堂礼。
东中部区
花莲县立山教会：在花莲县卓溪乡立山村更生三五号。《台湾传教五十年纪念》在统计表中说，创建于一九四六年五月十七日。但无历史沿革介绍，详情付阙。
山里教会：在花莲县卓溪乡立山村山里一八号。《台湾传教五十年纪念》统计表中说创建于一九四六年五月十六日，亦无历史沿革介绍。
但据红叶教会历史沿革的介绍说，山里、立山二教会，均建于一九四六年。
红叶教会：在花莲县万荣乡红叶村四二号。《台湾传教五十年》统计表说创建于一九四七年一月五日。一九四六年立山、山里教会建立不久，立山信徒苏贞勇（罗义武的姐夫）来到红叶村传播“真道”。罗义武之妻林玉花病倒已久，医生宣告无法救治，正在床上静候死期。罗义武爱妻心切，立时相信。未几，全家由武忠治施洗于红叶溪中，病危之林玉花受洗后病势好转。不到一周，就能走动，开始料理家务；在村中之影响可知。历史沿革的介绍，此后直接转入在一九六一年，一九四七年如何建会没有介绍。
红叶教会的民族构成很特殊，是由太鲁阁、阿眉、布农三个不同语言、不同风俗习惯的山胞组成的一个教会。
西林教会：在花莲县万荣乡西林村一二四号。《台湾传教五十年纪念》说创建于一九四七年一月五日。在历史沿革中不但没有明确提到创建日期，而且最初的传入时间，说成是在一九四八年的四月。是铜门教会的信徒马得胜到西林村打猎，向该村李金福作见证。李金福等人首先在四月中旬悟道，并于四月十七日“受洗归真”。三年后信徒增加，一九五零年首次建造会堂。
铜门教会：在花莲县秀林乡铜门村榕树二十号。《台湾传教五十年纪念》统计表中说是创建于一九四六年十二月十九日。而历史沿革中没有介绍，详情只得付阙。
三栈教会：在花莲县秀林乡景美村三栈六十六号。《台湾传教五十年纪念》统计表中说教会创建于一九四六年六月十五日。而在历史沿革中完全没有介绍。
崇德教会：在花莲县秀林乡崇德村一四五号。《台湾传教五十年纪念》统计表中说，教会创建于一九四七年一月五日。台湾光复后，邻村富世教会将“真道”传入崇德，江秀郎一家接受而加入富世教会。其后的一年中，信徒增加到三十六名，建一简陋会堂。“呈报总会，于民国三十六年（一九四七）正月，由富世分出，成立‘崇德教会’”。
台湾光复以后，教会全局概况的介绍，只有一九四七年五月一日十一届全体大会上魏以撒的报告及台湾代表杨约翰的介绍。而这两个报告或介绍则只能截止到一九四七年五月一日之前的情况。
魏以撒报告说，当时台湾真耶稣教会共有卅八处，传道八人，信徒五千五百廿八人。只有概括性的数字统计。杨约翰的报告，共分四个部份:
第一部份
是“真道”的初播，包括如何传到日本，这在前面已经说过了；
第二部份
是日占时期高山族信徒受到的迫害，又如何在迫害中坚守信仰，发展教会。杨约翰所介绍的内容，也已见于前述。而关于现实状况则说：“此次日人撤退，台湾光复，一切限制皆消失。高山族中相信者已达一千多人矣。约占全台信徒四分之一。目下台支会正计划加强高山族之工作。土著人中已有多人担任传福音之责任，非常忠心、勇敢。支会派去之传道人，目睹彼等之热诚，皆受感动，而更加热心。高山族乃马来人，主对他们恩典很大，未来之工作正方兴未艾也。”
第三部份
“台湾二·二八事件，各地本会同灵都平安，请大家放心。客岁飓风过境，各支会寄以同情，慷慨捐助，本人来时，众人托付兄弟向各代表转达谢意。”
第四部份
为“教会今昔比较：
民国廿六年（一九三七） 现在（一九四七年）
第十次大会时 十一届全体大会召开时
教会数 十处 三十八处
信徒 一千四百人 六千人
传道人 十人 八人
经 费 四万 一千九百万 ”
二、高山族信仰“真道”，迭遭迫害
台湾光复后，真耶稣教会在台湾的传播中，一个非常重要的现象，是高山族的信仰受到了严重迫害。《真耶稣教会圣灵报》第一卷第七～八期（一九四七年十二月十五日发行）以“基督精神在台湾高山族的同灵身上彰显伟大”为题，报导了在南澳及柑子头方面信徒被害的情况，其概况如下：一九四五年八月间，花莲县山里区山里乡一位妇女，名纳品，“蒙恩后心中火热”，到南澳探亲，并传“真道”。受到其姊、姊夫的欢迎，继得王玉真、玉枝两女友的赞成，求道之心切切，请求支会派传道来此。支会遂派林田长老和杨约翰执事同来。不料，十二月二十一日晚聚会时，突有（三民主义）青年团员数人闯入，叫詈辱骂、殴打信徒传道、焚烧《圣经》、《圣诗》。此后，常有乡民骚扰，以致成为习惯。然而信徒们仍然坚持信仰，骂不还口，打不还手。纳品返里之后，每念故旧，心中常常火热。一九四六年一月，再到南澳，大声疾呼。乡民则鸡鼓而攻之，打得纳品遍体鳞伤，险些殒绝。乡民联络乡长、村长、民团警察机关，横行摧残，凶势日胜一日。暴力频加，迫害手段，无所不至，威胁之势四处蔓延，到了柑子头。信徒无宁日矣，有家不能归，被逐者层出不穷。一九四六年二月八日，乡民同青年团员逼迫益急，非杀必逐。王玉真、玉枝亡命外地真会，不敢回家。六个月之后，归省，结果被囚两日，并被押到苏澳游行示众，之后释放。一九四七年五月四日夜约八时，福村村长酒酣，乡民乘势袭击信徒。凡住福村信徒，均遭木石交加，乡民还高呼非杀即逐的口号。王玉真之老父，虽然不是信徒，但为教会说了好话，亦被击昏倒一个小时。大乱之后，又逼迫信徒“献豚（猪）十头”，无豚者只得以水田换豚供献。且迫令信徒宣誓离道，“否则任听处死，有如杀豚”。然而信徒们坚决不放弃信仰，于是企图全体离开家乡，已经走出一百多米时，有人以为“全体离开，必断接济，乃令信徒妇孺者返乡，仅逐领袖五人，就是小山和子、吉川清、陈德全、松田、武田安子等”。于五月七日到达花莲港真会。六月二日，柑子头村信徒伊藤周二等十四名又被迫害，情形不详。三日，午前四时，开始亡命。七月八日，民政厅代理陈曾训示信徒之生命财产，必须保全。然而乡民仍然仇视之极。八月十二日上午八时许，信徒梁福平等廿六人，迫不得已变尽家私，离家外徙。谁知图井、上原两警士予伏途中，将二十六人赶回警所，以私逃罪任意毒打，罚苦役，施极刑。“政府大员命令等于空谈，国家信仰自由的法律有明文的规定，政府不能执行，令人感叹。而且不久进入宪政，实行宪法，人民没有信仰居住之自由，又何能成为宪法的国家呢？”八月十四日，上午七时，有乡民数人、青年军六七人，将信徒用藤棒、牛车木棒、浑身毒打，皮开肉绽，无一处完整，“几乏放针之处”；又且逐日罚行苦役。直至八月廿九日台风袭击，始蒙释放。其中受伤最重的是福田静子、木村重子两位女信徒；福田静子被释放后三天，医药罔效，不治身亡。然而信徒之信仰却更加坚定。“盖宗教之博爱基础，牺牲为宗旨，实乃救己济人之道。……每遇迫害，必来函报急，请救助祷，并无任何怨尤，更没有辱骂敌人之语气，实有真道在他们心中所致也！”
《真圣报》第一卷第七、八期（一九四七年十二月十五日发行），报导说“高山族灵胞受迫害仍在继续中，较比以前益甚。大南澳之经过，略以陈情书原幅送来参考。至于台东县的新港、佳里、都兰各分会之领袖三名，九月初旬被新港警察拘留十余天，然后才释放……。”
《真圣报》第三卷第一～二期（一九四九年二月十五日发行）又报导说，去年台东警察所长曾将教会指导者入狱二十天，又酷打了数人，并罚金。一般信徒也被罚筑路苦工。但遭迫害之后，信徒数反而激增，较三年之前多出数百人。
三、张撒迦在台湾的工作
《真圣报》第二卷第四期（一九四八年四月十五日发行）报导“张撒迦理事奉差赴台，亦已抵达台中协助支会大会并各地之灵恩会”。见报时，张撒迦已经到达台中，而具体时间，即某月某日，不详。《真圣报》第二卷第五期（五月十五日发行）的报导则说张撒迦伉丽二人已到台北，工作且已告一段落。计开三天会，聚会者二百余人，受洗卅四位，说灵言者十三人。并在台北监狱，向一千五六百名犯人播音，效果则“待查后续报”。监狱当局“有意交托本会加以教化”，利用宗教对犯人进行思想教育、改造。到第廿四届代表大会之前，在台北、中部在六处教会开灵恩会十二天，水洗卅九人，灵洗十八人。
一九四八年三月廿九日、卅日两天，列席台湾省支会第二十四届代表大会。那么，张撒迦到达台中必在三月廿九日之前，而在台北的“圣工”，是在此之前还是之后呢？没有日期记载，不好明断。
《真圣报》第二卷第七期（一九四八年七月十五日发行）张撒迦报告《台湾巡视记》，从内容判断曾到台南助开灵恩会，曾给总会发去一函，但未见报。之后的一个多月中“从台北经台中，直达屏东，转入台东花莲港、南澳、罗东，复归台北。多半时间都费在深山，与高山同灵过生活。经过险要的断崖，经过万尺以上的峻岭，约有一二十峰之多……。”而高山族信仰生活的概况则说：“来台所经三县，高山同灵除花莲之外，实无自由可言（对于信教）。尤其逼迫本会信徒之外邦与官府，言之不胜痛心！某老会嫉妒本会的发展，到处捏造谎言，火上添油（大约指加拿大宣教师孙雅各，参见下文。）；这又是本会受阻的另一个原因。总之台东与南澳方面的信徒，仍处在黑暗权下，在水深火热当中。其信心虽未灭，而自由早已失却了。对此情况，仍与省府方面交涉中。”
四、台湾省支会第廿四届代表大会暨台湾省支会成立大会
支会第廿四届代表大会，记载见于《真圣报》第二卷第六期（一九四八年六月十五日发行）。
一九四八年三月廿九日在台中市公园路支会召开。出席代表五十二人；下列教会派出了代表：花莲、富世、明德、立山、山里、红叶、铜门、景美、西林、罗东、台北、新竹、台中、鹿峰、和美、线西、崙尾、鹿港、溪湖、二林、褒忠、大林、梅山、中庄、民雄、鱼寮、梅华、嘉义、台南、屏东、美和、忠智、隆昌、都兰、利吉、虎尾、台东、南澳、高雄。出席大会的理事有简益真、林献生；监事黄以利沙、郭顺命；传道沈义民、蔡圣民、蔡永辉、吴新民、王春雨、陈圣工、朱建新。列席：总会常务理事张撒迦、理事林悟真。
大会主席郭顺命，副主席陈克忍。
大会报告的内容，撮其要者介绍如下：新成立的会所有虎尾教会，台东、高雄祈祷所。有二十一处教会开过灵恩会。圣工执事移驻花莲县山地，村田长老到日本工作，台北监狱登记真会布道。长执变动情况：大陆魏哈拿、夏言冰两执事到台，杨约翰到总会，朱阳光长老于三月十九日去世。信徒总数到一九四七年末为五千七百九十人，其中高山族人一千六百七十七人，占百分之三十。立案手续，已由总会电请省政府社会处予以改组。先提出筹备委员及临时指定四十人为成立大会之各地教会代表，明天开成立大会。其他，关于经济财政方面的讨论、议决从略。
此外，传道人报告了在各地传道概况：王春雨提到台东“信徒受禁受打，无法解救。但他们虽受如此迫害也不失信心。迫害渐进渐大，后来就全部受禁了。以后美和、利吉两个弟兄往省府陈情。虽有得省府的好意，但台东方面的迫害未息。”陈圣工则报告说去年大部分的工作在花莲县山地，“正遇着南澳受迫害，许多弟兄被逐到花莲山地。以后还有加拿大宣教师孙雅各到山地宣扬本会是邪教，引起迫害的因由。……最近又接南澳大迫害以致避难的消息。”
还提到了“张巴拿巴以《角声报》搅扰台会，但未受动摇。吴道泽搅扰虎尾、大林、梅山等处”。但均无详情介绍。张巴拿巴把在香港印刷的《角声报》到处邮寄，湖北则有追随张巴拿巴的观音阁教会向湖北各会送《角声报》，见湖北省真会史。吴道泽事可参见福建真会史。
又建立支会救济委员会。讨论议决一九四八年度支会经常费认捐案。
第二日，三月卅日下午，又召开了“真耶稣教会台湾省支会成立大会”。
支会代表大会都开到第廿四届了，为什么才开成立大会？这与台湾光复，政权更迭有关。这应当是国民党政府接管台湾整理民间社团采用的手法。当初，抗战期间总会内迁重庆时，就曾要求真会重开成立大会，后经协商，才免去召开。这一次不同于总会内迁，于是又重开成立大会。
出席代表三十四人，缺席六人；这些代表应该是在支会第二十四届代表大会确定的。大会主席郭顺民报告开会意义时就说：“今天开本会改组成立大会，藉此向政府获得合法地位”。省社会处派专员列席大会，致词中说：“因贵会是省级团体，但台中有久年的历史，所以政府特准成立于台中，而在台北设立办事处。”当时按政府要求，支会大约应设台北，因台北是台湾首府，因考虑到支会在台中已经多年，遂有上述决定。
这次会议还审议了台湾支会的会章二十八条。
选简益真为理事长，常理还有林献生、郭顺命；另有理事林悟真、陈克忍、蔡圣民、杨灵川、江恒平、蔡永辉；候补理事有蔡提摩太、马太、黄呈聪、王永生（因蔡提摩太又当选为监事，故由王永生充之）。
选蔡提摩太为常务监事；另有监事陈余泉、朱建新；候补监事郭柱。
支会备案之事，则于九月十五日办妥。
一九四九年初的消息则是，予定在三月二十八日在台中支会召开“第二十五届支会代表大会暨台湾省救济支会第二届会员代表大会”。
杨约翰则报告说自到台湾之后，同简长老往各地巡视。“近时打算同林献生执事到台东高山族教会去开圣经讲习会。于一个月前，建成会堂一座。虽有长老会的牧师，花言巧语的迷惑他们，但受了圣灵的高山同灵，均靠主站立得稳。”