总会于一九四七年二月一日发布了“京总字第二二九号”通告，根据第九次理监事会议的决议，定于五月一日在南京召开第十一届全体代表大会，要各地迅速按第九次理监事会议的决议推选代表，并于三月廿日以前将提案寄到总会，“俾使全体代表对各项提案意见有充分之准备”。强调“此项全体大会，适逢本会卅周年，关系本会前途甚巨。望各本会发动全体信徒在大会期间奉献最虔诚之祈祷，使大会美满丰收，以荣主名。特此通告。”署名是真耶稣教会五位常务理事：郭多马、魏以撒、蒋约翰、张撒迦、吴约翰。
据前考，一九三七年第十次代表大会选举了总部七位负责人，其中高大龄、谭配得、朱惠民先后亡故，只剩四人。总部内迁重庆，重新备案文献中“总会第十届职员略历表”中的常务理事为郭多马、张撒迦、蒋约翰、吴约翰，理事长为魏以撒。即此处之五位常理。即在八年离乱中，人亡物故，为健全总部工作，补了一名常务理事吴约翰。首见于总部内迁上报政府之文献中。何时何地、又经过如何之程序补为常务理事，未见诸记载。但在第九次理监事会议上追认为总会常务理事，得到了合法化。由此又可以知道，抗战期间总会的工作几乎完全由魏义撒一个人负责：十大总部负责所剩四个人中，郭多马远在福建，蒋约翰及张撒迦则一直在上海。吴约翰是在重庆补充的。
关于吴约翰，知之甚少。其最早记载见于《四川省本会史略》：南京政府迁重庆以后，真耶稣教会在重庆设办事处，办事处主任即为吴约翰。一九四三年三月的记载仍为渝办主任。一九四四年，总会内迁重庆，在呈报请予立案的呈文之中始署为主任，但在上报总会第十届职员略历表中则为常务理事，年三十二岁，为总会圣言系负责人。据此，吴约翰由渝办主任改为常务理事当在总会内迁，向政府呈报总会职员名单、略历之时。一九四六年七月，吴约翰与董玉林连袂离渝来京，到社会部报到，开始办公。此后则出现于为闽、台两省台风灾害开捐、第九次理监事大会、十一次全大等总会人员名单中。但第十一届代表大会选举的总会负责人中没有吴约翰。
一九四七年四月二十二日，总会以总字第五八八号呈文呈社会部、内政部请求派员参加五月一日在南京召开的第十一届全体代表大会。
这次全体代表大会当然重要，是自一九三七年十大之后，历经抗日战争八年磨难之后的第一次全体代表大会。
一九四七年五月一日至十五日，在南京北门桥鸡鹅巷一一八号总会会堂召开。
出席的代表有：台湾林悟真、杨约翰；东北，王得恩、阎彼得；山西，柴林坡；安徽，王保罗、王选民；陕西，孔新山、张敬一；江苏，王亚该古、蔡蔚文；湖南，周安得烈、曾道全、酆荣光；河南，王雅各、张提多、吴米利暗；河北，范子贤、田振立；湖北，黄曙光、张恭枝、周马利亚、王真光；四川，郭子民；甘肃，廉奇星；福建，张提门；云南，委托代表姚荐楠；南京，特许代表李子敏；南洋特许代表应锡祺。北婆罗洲及广东因经费不足未能派代表赴会。
总会常理，魏以撒、蒋约翰、张撒迦、吴约翰；郭多马未出席。
总会监事：张约书亚、史提多、吴贤真、李正诚、（委托）李芳圃、董玉林。这份名单如何产生的不详。与在重庆备案向政府呈报的总会第十届职员略历表中记载的常务理事、监事、候补监事名单完全不同。
总会传道：朱恩光、王天义；
南京传道：林路加；
政府代表：内政部赵长龄、社会部专员林仕鹏；
来宾：严继光。
大会主席为魏以撒，记录为张恭枝、董玉林。
首先由临时主席魏以撒致开会词：“希望各代表以爱国来爱教，以爱教来救国。但救国之道首重挽回人心之工作，因宗教系补法律之不及也。”俨然“以宗教救国为己任”。后面，社会部林专员、内政部赵长龄的勉词也是这个意思。赵长龄谓“贵会的教义与国父孙中山先生的三民主义可以说是二而一”、“卅年前的魏先生得圣灵的启示创立了真耶稣教会，可以说是东方的马丁路得。尤以贵会自传自立自养施教之精神，实划时代之贡献！希望各位除多多贡献宗教革新之宏见外，并请帮助政府拯救一般在水深火热中的人民，使能同蒙福祉。”之后，南京警察所巩所长、来宾严继光致贺词。
大会主席报告三十年来之概况，并将历史文献择要介绍。
选举大会议长为魏以撒，副议长为蒋约翰、周安得烈。书记为董玉林、张恭枝。
议长照例宣读议事规则二十条。
总务系蒋约翰报告了自理监事会之后收发文件及财务收支的状况。报务系张撒迦报告了自民国十六年（一九二七）接管《圣灵报》以来的历史及现状；经济状况堪忧。
会务系魏以撒报告了全国各省及国外真耶稣教会数目：
河北十五处、山东七处、湖南二百二十处、福建一百零八处、江苏四十五处、江西两处、云南一处、浙江四处、东北廿处、陕西十六处、甘肃四处、湖北八十四处、台湾三十八处、安徽六处、广东十五处、四川廿处、山西七十处、河南一百一十处、南洋廿二处、印度四处、美国一处、日本一处。共计八百三十三处。以湖南为第一，其次为河南，第三则为福建。
各省支会任用之传道人数目及信徒人数（分会、支会办事处，未经支会自聘之传道人未列入此表）：
省别 传道 信徒
河北 八人 一千六百人
山东 五人 五百人
湖南 六十人 二万一千人
福建 五人 一万一千人
江苏 二十人 四千五百人
江西 －－ 一百人
云南 一人 八十人
浙江 三人 一百五十人
东北 十人 二千人
陕西 八人 二千五百人
甘肃 二人 二百人
湖北 十五人 八千四百人
台湾 八人 五千五百二十八人
安徽 四人 六百人
广东 四人 一千五百人
四川 十四人 二千二百人
山西 十人 一万人
河南 二十人 一万一千人
南洋群岛 四人 二千五百人
印度 －－ 一百人
檀香山 一人 一百人
日本 一人 一百人
信徒数计约八万二千七百五十八人。以湖南、福建、山西、河南四省最多，均在万人之上；而湖南在两万人以上。再次，则以湖北及台湾为最多。
之后又总结总会工作说：“总会因社会部令迁渝，乏人主持。蒋、张二执事不能离沪，郭（多马）长老因湘战阻于中途而返闽。本人受渝处函电催请，乃本信心自津返豫。受圣灵引导，率眷走方城经舞阳到西安，进至宝鸡到兰州，开创教会后始飞渝主持工作。办理备案手续，开神学会一期，出真耶稣教会报三期，振兴渝会。”
部份执事及各地代表报告各地情况。
修改会章、选举。会章另见。
选举结果为：
常务理事：魏以撒、张撒迦、周安得烈、蒋约翰、杨约翰；
理事：郭多马、林悟真、张约书亚、董玉林、郭子民、吴贤真；
理事长：魏以撒；
监事：廉奇星、蔡蔚文、李正诚；常务监事：李正诚。
关于选举的结果以及当选负责的职务分工，在五月二十日，总会曾详细呈报给社会部，其具体情况如下：
魏以撒，二十二票； 蒋约翰，二十二票； 周安得烈，二十票； 张撒迦，十六票； 郭多马，十六票； 张约书亚，十六票； 吴贤真，十五票； 林悟真，十三票；郭子民，十二票； 董玉林，十二票； 杨约翰，十票。以上十一人为理事。
牛西拉，十票； 孔新山，六票；二人为候补理事。 廉奇星，十二票； 蔡蔚文，十一票； 李正诚，十票，当选为监事；李正诚又当选为常务监事。 应锡祺，五票，为候补监事。
理事十一人，又票选五人为常务理事：魏以撒（八票），张撒迦（八票），周安得烈（八票），蒋约翰（七票），杨约翰（五票）。
在五个常务理事中又票选魏以撒为理事长。
《卅年专刊》载第十一届职员略历册如下：
| 职别 | 姓名 | 性别 | 年龄 | 籍贯 | 现在职务 | 通讯处 | 是否党员 |
| 理事长 | 魏以撒 | 男 | 46 | 北平 | 办理总会一切事务兼理神学系事务 | 南京鸡鹅巷第118号 | 否 |
| 常务 理事 | 蒋约翰 | 男 | 48 | 江苏 | 办理出版系事务 | 同上 | 否 |
| 张撒迦 | 男 | 50 | 福建 | 办理总务系事务 | 同上 | 否 | |
| 周安得烈 | 男 | 55 | 湖南 | 办理教务系事务 | 同上 | 否 | |
| 杨约翰 | 男 | 27 | 台湾 | 办理财务系事务 | 同上 | 否 | |
| 理事 | 郭多马 | 男 | 68 | 福建 | 督导福建省本会工作 | 福州大根路十五号 | 否 |
| 张约书亚 | 男 | 80 | 天津 | 督导河北省本会工作 | 天津东门内河北省支会 | 否 | |
| 吴贤真 | 男 | 54 | 河南 | 督导河南省本会工作 | 河南上蔡西街本会 | 是 | |
| 林悟真 | 男 | 59 | 台湾 | 督导台湾省本会工作 | 嘉义市东门里光彩街82号 | 否 | |
| 郭子民 | 男 | 50 | 山西孝义 | 督导四川本会工作 | 重庆德兴里36号四川省支会 | 是 | |
| 董玉林 | 男 | 30 | 河北 | 督导南洋本会工作 | 南京鸡鹅巷第118号 | 否 | |
| 候补 理事 | 牛西拉 | 男 | 36 | 吉林 | 督导云南省本会工作 | 昆明拓东路110号 | 否 |
| 史提多 | 男 | 69 | 山东 | 督导江苏省本会工作 | 上海扬州路208弄忻康里4号 | 否 | |
| 孔新山 | 男 | 48 | 西安 | 督导陕西省本会工作 | 西安北关孔家院 | 否 | |
| 常务 监事 | 李正诚 | 男 | 30 | 湖北 | 办理总会监察事物 | 南京鸡鹅巷118号 | 是 |
| 监事 | 廉奇星 | 男 | 55 | 河南 | 督导甘肃省本会工作 | 兰州中央广场第17号 | 否 |
| 蔡蔚文 | 男 | 35 | 上海 | 督导江苏省本会工作 | 上海康定路忻康里第14号 | 否 | |
| 候补 监事 | 应锡祺 | 男 | 53 | 福建 | 督导南洋本会工作 | 南京鸡鹅巷118号 | 是 |
这个表册中的候补理事作三人，多了一个史提多。同《真耶稣教会圣灵报》十一大特刊所记不同，也同《卅年专刊》关于十一大选举结果的记载不同。何以如此，不详。
在总部负责人中，首先值得注意的是，在常务理事中增加了一个年轻人，杨约翰。杨约翰的记载在《卅年专刊》中极少，除在十一大的相关文件中出现而外，只见于台湾真耶稣教会的历史记载中：一九四五年的十二月，在大南澳村，有二三十自称为三民主义青年团员的人，于半夜将传道人村田及杨约翰强逐出村，并将其圣经和赞美诗焚烧一尽。此外，再无所见。但在有关台湾真耶稣教会发展的史籍中，如《台湾传道五十周年》、《七十周年纪念刊》及《撒网史记》中则非常丰富。提拔杨约翰或许是在总部首脑机关中大胆提拔年青人的尝试。也或许，要照顾台湾地区，而特选一人。年事已高的郭多马不再担任常务理事，调换以稍为年轻一点的周安得烈。
郭多马于一九四八年十一月二十七日去世，由牛西拉候补。此消息发布于第三卷第一～二期《真耶稣教会圣灵报》（一九四九年二月十五日发行）上。
总部五系：会务、总务、报务、学务、秘书等系，又改作神学、出版、总务、教务、财务五系。神学系由理事长魏以撒负责。至于为什么把吴约翰撤下来，原因不详。他毕竟在抗战内迁之时，曾任方面之寄，为渝办主任。
这次代表大会最为重要的成果当然是修改会章、关于教道、教义、教理之决议。这些内容另辟专章论述。