一九三三年二月，张巴拿巴由南洋回港。四月，偕长女灵真前往上海，欲将总部迁往南京。张巴拿巴一到南京，曹光洁即将其鸡鹅巷的房屋奉献，充作总会。当时跟随人员有曹光洁、曹福全（荆山）、尹文棠、程良贵、王紫辰、李振华、郑中节等。这些人，张石头说都是“军、政或文教界中的佼佼者”。上海总部于四月间，如高路加在八次临大（后改称九大）上说的那样：“曾具呈南京市政府，并市党部，声明张巴拿巴系冒名混乱，对南京之伪总会加以否认”。高路加所说，张巴拿巴系“冒名混乱”，不能说错。因为张巴拿巴已被革除，仍用原来会名建总会，当然只能算是“冒名混乱”。但如果当时的国民党政府仍然承认张巴拿巴为正宗，则当有另说。然而，从后来情况的发展来看，不是这样，国民党政府承认的仍然还是上海总部。对上海总部的作法，汉口余子芳保罗极其不满，“义愤填膺，致书上海总部予以警告”，斥上海总部“视之如草芥，嫉之如寇仇，既告于京，复控于沪，……今张长老来汉，余不过略尽地主之谊、师生之情，尔等不察，叫嚣宣呶，百法制止……。”这封书函标志余子芳最终离开上海总部，有一定的重要性。后刊登在《角声报》民国二十二年（一九三三）一卷二期，惜无月日记载，推测当在是年四月之后。由前述可知，一九三三年三月十九日至二十一日的第四次代议员会，余保罗是湖北支部的代表。而六月二十至二十一日的第五次代议员会余子芳保罗就不再是湖北支部的代表，之后的八大也没有参加。可见上述推测应该是正确的。对于上海总部的作法，七月廿六日《晚雨报》，李日心以“君子群而不党”为题，撰文一篇，“大意指上海总部，结党纷争，以徒弟打师傅，违背经训。”
七月廿七日，怡保霹雳真耶稣教会支部李塞特发公函一通，报告张巴拿巴在南洋一年的经过（已见前述），缘由于上海总部给各地的通函中说张巴拿巴此次由南洋回来是被当地政府驱逐出境的结果。李塞特遂发出此公函，说明这一年的情况，以及张巴拿巴离开南洋时，当地侨务委员林成就、李源水及当地信徒如何设餐饯行、欢送等情。当然，又有不少文字是斥责上海总部的。而林成就实为张巴拿巴忠实信徒。
八月，上海总部“又呈请南京党政机关，对（张巴拿巴）伪总会之成立，加以制止。”
上海总部控告张巴拿巴，当为当时常驻总部的高路加等人所为，而高大龄并不知晓。张石头引民国廿二年九月一日之《角声报》，第一卷一期，高大龄由江西致书张巴拿巴总会曹福全（长老）说：“奉主名函复曹长老安鉴：昨接来函，十分惊讶。上海总部为何事控告张长老，我不知道。他们用我名字，我亦不知道。请将他们控告的底稿，草一纸来，我好质问他们。他们是不明白道理。圣经云，门徒不可互控，尤不可向外人互控。我已致函上海总部质问他们，到底为何要控告人。祈候张巴拿巴长老、曹光洁长老并众同灵安。”从高大龄给曹福全的这封复函中可知，高对于“何事控告”张巴拿巴完全不知情。而高知道控告的原由之后的态度又是什么呢？张石头没有说。那末，高大龄对于被开革的张巴拿巴仍用“真耶稣教会”原名另立总部的态度也就不得而知了。张石头所引此函若非捏造，则可知高大龄仍将张巴拿巴、曹光洁、曹福全等视为“主内的兄弟”。
民国廿二年（一九三三）十月一日，有“武昌真耶稣教会支部全体教友叩（？印）”的一份文献大力揭露魏以撒的“人品不继”。这份文献不知是否发表过。据张石头说，现存台中总会，笔者未能见到。这份“文献”所揭露的魏以撒的“人品”，情节十分严重，已经不是一般的“人品”之说可以函括，而是一些触犯刑律的事件。是真是假，今日已不能分辨，只得从略。
十月一日，上海总部，“又通函各地支部本会，备文南京党政，一致否认鸡鹅巷之伪总会。”
十一月廿五日，上海总部“为张仍冒用会名、发行刊物，并伪造图章信笺，混乱本会事，呈请南京党政，严厉禁止”。
上海总部将七月廿六日七期《晚雨报》李日心“君子群而不党”一文“上告政府，指巴拿巴反对党国”。沈方箴（虚心）“具呈南京警备司令部，控告巴拿巴反对党国、诋毁三民主义”。与上海总部、沈方箴的这些做法相关的原始文件及相关资料，都没有找到，仅据张石头所说，叙述如上。从后面事态的发展看，上海总部、沈方箴确实是如此这般的做过。张石头在叙述时，未能说明具体月日，但从事态发展看，应在十一月廿八日事件之前，故置于此。
十一月廿八日当天事态，高路加后来在八次临大上说是：“张（巴拿巴）以《晚雨报》反动之言论，被南京警备司令部破获，将伪会查封，并擒拿曹光洁等数人。总部恐各界不明真相，有碍本会之名誉，特在上海申报登刊紧要启事，声明一切”。
这一天的情况，程良贵在一年后的回忆文章（刊登在民国廿四年，一九三五年，一月一期《角声报》）上，描绘较为详细：“犹忆去年十一月廿八日，晨七时，卫戍司令部率便衣队及军警，将本会长执囚诸铁网卡车。先包围查抄总会，继又派人分围各长执教友，如捕要犯。一律拘入解车，直驰卫戍司令部，幽囚一室，多日不审……可拉大坍闻之则大喜，其它老教会，亦引为快事。”
被捕者四人：曹光洁夫妇、高定坤、李经邦，扣押廿八日。张巴拿巴当日清晨五时赶往乌衣镇讲道，未能被捕。但政府严令通缉，遂秘密潜往上海租界，由卢惠良女执事往来传信。风声太紧，遂又潜往香港躲避。
上海总部则于十二月一日，在上海申报刊登“紧要启事”，谓：“倾阅十一月廿九日、申报廿八日南京专电‘京宪兵部，破获邪教’一则，内载宪兵总稽查处，据报有鲁人张巴拿巴等，在京北门桥鸡鹅巷一一四号，设立真耶稣教会，发行违反总理各种书籍。廿八日……该队以该项书报文字，均属反对自由平等，主张君主政治，且与三民主义大相迳庭。深恐另有背景，扰乱治安，当即备文申解司令部法办。并饬探严缉会首张巴拿巴、曹荆山（曹福全）、程良贵等归案根究云云。……该张巴拿巴，自被革除之后，野心未戡，思想益趋恶化，复在香港南洋等地，冒立真耶稣教会，发行晚雨报及角声报，作反动之宣传。当时，本总部又分别呈内政部，并致函香港华民政府，否认该张巴拿巴所冒立之真耶稣教会及该晚雨报，声明对张等嗣后发生任何不法情事，本会概不负责。本年该张巴拿巴由南洋回国，在南京勾结曹光洁、曹荆山等，拟联合上海劳勃生路、汉口观音阁、湖南宝庆五里牌、汕头三纲路、香港（地址不详）、南洋怡保安达申路各伪分会，原定十月十日在京掛牌，成立伪真耶稣教会总会，并发行角声报，以图煽惑，淆人听闻。当经本总部呈向南京市政府、市党部声请禁止。曾蒙当局，派警禁止，成立有案。讵此次又被宪兵部破获，搜出反动书籍，拘获其党徒，并饬严缉该张巴拿巴、曹荆山等归案根究。此种情事，与本会全体毫无关系。所载经在南京鸡鹅巷设立真耶稣教会，乃系冒称……”。这篇紧要启事张石头全文转刊，笔者也找到了这篇紧要启事，在原报第五张上。
由上海总部的这个“启事”可知，上海总部很可能是采取了诬告张巴拿巴等为“反动”的做法的，虽然“启事”中说是“该队”的说法，但司令部的“据报”何来？张石头说是上海总部所为，实际上也只有上海总部才可以做到。上海总部担心张巴拿巴重建总部的后果，并呈政府当局明令禁止，都是正常的，也是合法的。但采用“诬告”之法，无乃太过？应非基督徒所当为，所应为！而张巴拿巴非要以“真耶稣教会”之名重建总部不可，虽然可以理解，但却不可能获得政府当局的认可，并成为挑起事端的缘由。或者说，张巴拿巴的做法，就是要挑起事端？他，以及他的高级军师们不知道、不懂得，当初真耶稣教会在政府立案文件，在上海总部手中？或者，张巴拿巴此举之目的，就是要迫使政府当局承认他，而不承认上海总部？然而，当初上海总部革除张巴拿巴时，上海总部就已经向政府报告，并作了备案，张巴拿巴不知道吗？据前述，内政部准予备案的批示，当时总负责是张巴拿巴，时在民国十七年（一九二八）十月二十五日。然而，民国二十二年（一九三三）四月四日，中国国民党中央执行委员会民众运动指导委员会准予真耶稣教会自由购买土地的批示中，上海总部的总负责已经是高大龄了。内政部的批示在四月六日。而时间，恰逢张巴拿巴二下南洋返回南京之时。张巴拿巴的做法，实为无奈之举。
张巴拿巴真会遭此大劫，张石头说：“南洋李塞特、林成就等及国内各地教会同人，纷纷上书政府，辨明一切。稍后，李塞特且在中央日报刊登巨幅广告，申斥上海总部种种谤语诽言。而高大龄亦驰书南京总会，声言他绝未具函控告。”高大龄所驰之书，张石头亦照引不误，刊（民国）廿二年（一九三三）九月一日之《角声报》。然而，此处之月日时间不对了。高大龄之“驰函”登在九月一日之《角声报》，则原函最早应在八月，此时尚未发生张巴拿巴总部被诬、被查抄之事，两不相干。张石头没有注意时间上的差异？不象！因为张石头《真会史》两次使用了这个材料。显然，张石头是为了证明自己的论点，不惜使用了时间错位的资料。
然而，上海总部的不实之词必定要被揭穿的。张石头节录了“南京社会局通告，字第六七一号”。什么“字第六七一号”，张石头未说，节录可能有误。这个通告原件，笔者未能找到。是否可靠？从后面事态的发展，应该说是可靠的。通告的主要部份如下：“……现证明该真耶稣教会与上海真耶稣教会，实处于反对地位。曹光洁、高定坤等，均系年迈花甲且有恒产之人，确因信教自由而加入张巴拿巴组织之真耶稣教会。该《角声报》《晚雨报》等亦毫无政治意味。姑无论其‘君子不党’，或诋毁平等自由之言论，亦并未指明为本党。即令不无嫌疑，据民国廿年（一九三一）大赦条例，亦应在赦免之列。况曹光洁等四人，其实并未参加，当然不负责犯，亦难论以罪行。所抄《角声报》等发还，房屋准予启封”，被捕四人释放。
民国三十三年（一九三四）一月，上海总部“呈请中央党部及内政部通令取缔数处冒名之伪会。”上海总部因为在南京多次呈请，未能达到目的，没有解决问题，将事情告到了中央。
一月下旬，南京撤消对巴拿巴的通缉令。这两件事情孰先孰后，无法判断，因无准确日期记载。或许，撤销对张巴拿巴的通缉在上海总部呈文中央党部及内政部之先。