当总部还设在大陆的时候，台湾设支部以统领各地的教会。《台湾传教五十周年纪念刊》没有专门记载台湾支部在初建到一九四五年光复以前这一段时间中的情况，零星见于各地教会沿革的记载中。又据《圣灵报》所记，经过综合整理，所知大概如下：
一九二六年台中教会建立之后，十一月设台湾支部。在线西举行第一次支部大会，选郭腓利门、蔡约珥等为负责人，并制定支部细则十七条。
一九二八年，大约在一、二月份，组织布道队到清水、梧栖、沙鹿，须田清基等到线西传道。在台南召开支部大会，并举行布道会；
一九二九年六月二十一日，第五次支部大会在大林教会召开；
一九三零年九月，支部特请总部派员赴台举行第一次神学会；
一九三二年九月二十三日起至二十五日，在嘉义市东门外三丁目三一真耶稣教会召开了台湾支部第八回大会。这次大会找到了比较详细的记载如下：
黄基甸致开会辞，说大会是应嘉义真会的要求来此召开的。各地真会的代表报告了各地真会的概况：
各地代表有新竹的洪生、清水王以兰、台中黄况、线西黄福音、和美王永生、二林庄得真、大林谢更新、新巷陈恩民、小梅郭有杰、民雄王道真、嘉义林宝泉、牛桃湾黄恩生、台南王该犹、安平庄炳荣、旧城李天灵。以及新巷、小梅、安平、旧城祈祷所的代表。
在各会提案中，值得注意的有安平庄炳荣提的关于信徒整理案，提出几种情况如何整理：一种一、二年不参加聚会，但未犯罪；一种为已犯罪但却常来聚会，一种为异邦人，已受圣灵后去犯罪，又要求洗礼。议决，冷心信徒当常去劝勉，若犯死罪者对主的心已死，而已受圣灵之异邦人断不可为之施洗。各种情况，当查其情形，按公义自行办理就是。
这反映了当时信徒中并非一概都热心于主的情况。由于教会全凭信徒自觉自愿，出现这些情况，不足为怪。
大会又修订了支部细则二十条，自一九三二年九月二十三日起施行。
一九三二年台湾有真会十二处，信徒一千三百五十五人，长老九人，男女执事二十三人。
一九三三年四月二日至三日，在台中召开支部第八次长执会议。
十月十五日至十七日，召开支部第九回大会。
一九三四年，应该还有一次支部大会，见《圣灵报》第九卷第五期（一九三四年五月出版）。由于资料残缺，未详第几次。果如笔者推测的那样，是一次支部大会，则当为第十回大会。
在这次支部大会上，议事项目中有一点值得注意。议事的第三条，“不正之婚姻不当为他司结婚式之件（和美提议）”。什么是“不正”之婚姻，黄基甸长老作了说明：“一，本会男女灵胞未订婚前，由恋爱致于犯肉体之罪，不得已始行订婚者。二，订婚前是贞洁，订婚後则苟合而污秽身体者。三，订婚前是贞洁，订婚後男或女一方在他处犯罪者。”议决的结果：“以上三种类，教会皆认定不得为他证婚。”关于真耶稣教会婚姻观的资料，笔者仅见于此，别处未见。从黄基甸所说的三条来看，维护的是传统的性观念。
一九三四年十月二十一日至二十三日，在大林召开了台湾支部第十一回大会。
一九三六年三月二十九、三十两日，在台南召开台湾支部第十二回大会。
到一九三七年四月，总部召开第十次全体大会时，台湾已有教会十九处，信徒约一千三百九十九人，日常聚会数约有八百人，传道人十人，新建会堂三处；购屋为会堂者一处。支部组织较以前健全，管理效率亦有所增高。
以上，由于笔者手中资料不全，难以全面准确介绍台湾支部的工作、活动。但仅就以上残阙不全的资料，已经可以清楚地看到，台湾支部自成立之日起，对全台真耶稣教会的发展、管理，起了异常重要的作用。
一九四零年夏秋之际，日本正式抛出“大东亚共荣圈”的计划，企图进一步向东南亚扩张，建立在亚洲、太平洋地区的霸权。在其统辖区内也加强了殖民统治。一九四一年的二月，真耶稣教会台湾支部召开“第十七次临时大会”，将“台湾支部”改称为“日本真耶稣教会本部”，制定规则八条，设理事五名，负责会务。
这种变化，当然是日本政府要将台湾真耶稣教会同大陆真耶稣教会的隶属关系切断并加以改变。可惜，这个做法的具体过程，就目前手中的资料而言，不得其详。《台湾传教五十周年纪念刊》仅仅记载了这种名称的改变及改变的时间，其他相关情况则一概没有提到。
台湾支部的工作还有一个非常重要的内容，就是经常派传道、工作人员到各地传道、常驻帮助教会、或主持教会建立、献堂、灵恩大会等等工作，在前述各地教会沿革中都已提到，此不重复。
以上记载，显然勾勒不出台湾支部的总体情况，然资料阙乏，无可奈何！
台湾的神学训练。
台湾支部举行的神学会，综合《卅年专刊》及《台湾传教五十周年纪念刊》的记载至少应该有两次。一次在和美，一次在台南。
从记载推测，在和美举行的应该是第一次。详情见“和美教会沿革”：“民国十九年（一九三零）九月在此举开‘台湾省首次神学讲习会’。讲师有郭多马长老、黄以利沙长老、黄基甸长老，由王永生执事通译。会员计有庄等、陈恩民、谢万安、殖原、蔡儒兴、陈登科、黄业、谢圣顺、黄金美、黄秀金、谢论、王能、吴以诺、叶江泰，此外尚有若干名。”更多的情况则不知道了。
第二次神学会于一九三六年三月九日至四月九日在台南举行。据《圣灵报》及《卅年专刊》所记（《台湾传教五十周年纪念刊》全无记载，令人奇怪），其概况如下：第二次神学讲习会是在一年前就制定了计划的。三月九日起正式开课，为期一个月，设在台南真会。会堂是前年才在市郊建立的。环境幽雅，讲学修道堪称适宜。函请总部派讲员，总部即遣郭多马长老前来。学员无定额限制，凡全岛真会弟兄姐妹都可以赴会听讲。开会之日，台湾各地真会长执、灵胞、传道者不少人欣然前来。有些人原计划听几天以后再回去，“不料真理如磁石把他们都吸住了，为此放弃（了）俗务”。到闭会之时统计人数共约七十余人。始终不缺课者二十三人，缺一天者四人、缺二十多日者二十多人、上课不满二十日者二十余人。
课目有十：灵洗要课、圣经概论、教义纲要、传道原理、预言浅释、神迹奇事合论、四福音比喻略解、教牧学概论、传道者修养法、教会制度及组织法。各科目都有讲义，可惜笔者未能找到。
这期神学讲习会又是一次“灵胞”们共同生活的机会。大家俩俩一组随自己的志愿负担一切杂务：如设备一切的、管理财政的、购置的、备粮的、烧茶的、煮饭的、印刷讲义的、抄写的、翻译的、整理什务的，“都能按着其能而尽其职。”
“且在灵修上显出相亲相爱、彼此相助的实据来。这一个月间确实过了一种优美的、甘甜的、欢乐的生活。”
“到了四月八日晚，乃是闭会的前一天，大家藉此开了一场学员的亲睦会。一面高声颂赞神恩，一面对郭长老的教导聊表感谢，并将大家在此一个月间所得与所感都见证出来，以作互相相换知识、彼此勉励的资料。全场充满喜乐，十分兴趣，一同受益，直欢叙到十一点钟，才祷告就寝。
翌日，在早晨的聚会是灵修要课，也是最后一课。课目乃是‘靠着圣灵随时多方祷告祈求’。大家听了最后的一课，越发奋兴感激坚固。
继以支部负责的闭会辞，随后唱诗九十五首。在情绪感泣、依依不舍的空气里挥泪而别，从此各自奔向灵修、灵战的实地上去。
而郭长老，乃要按着本会所预定的日程，约有二十日间，遍地巡视各地本会，给予及时的帮助，可在五月一日搭船回国了，哈利路亚，荣耀真神！”
真耶稣教会在台湾的传播和发展，除郭多马、张巴拿巴等开拓之功而外，更为重要的是台籍信徒们的积极活动、热切的奉献。象黄呈聪以利沙、黄呈超基甸昆仲；他们的父亲黄秀两、黄基甸的岳父郭歪腓利门、朱惠民、陈复生、刘荣树、陈惠民等等，以及后来在台湾接受“真道”的蔡圣民、日本人须田清基等人，都是台湾真耶稣教会发展的骨干人物。