之后，《卅年专刊》在叙述江苏真耶稣教会发展历史时说：“民国十五年（一九二六），张巴拿巴、郭多马长老召集了一个全国神学会。就在这一次神学会上郭多马长老提倡设立一个总本部于南京，接续着召开了第四次全体大会，印书出报，就作了南方本会的中心。”在十一集“中枢机构”中又说：“在南京第一期神学会期（间），由郭多马长老发挥启示录‘宝座’二字的提倡，乃有总本部的设立，这是南方本会中枢机构的开始所用的名称。总本部迁到上海以后，经第四次全大决议总本部为总部。”接着又说：“南方成立总本部是在民国十五年八月二十日。”
这个叙述前后是矛盾的。第一期神学会的时间是民国十五年阴历四月二十日（公历一九二六年五月三十一日）到七月二十日（八月二十七日），共计三个月。《卅年专刊》关于一期神学会的专文记载没有提到郭多马发挥“宝座”之说而设立“总本部”之事。而四大（原称三大，阴历八月十七日至二十一日）是在南京召开的，并不是总本部迁到上海，再开四大改总本部为总部的，而是在四大正式建立的“总本部”。《总部十周年纪念专刊》第一篇导言中就说：“本会总部还未成立之前，在北平、武昌、长沙等处，已经各有召集了一次的大会。不过会后，各自散去，并无设立中枢机构，作统一的办法……及至在南京开第三次（后改称为四大）全体大会时，才产生总部，国内有八省的代表，均承认总部（当时称总本部）为本会最高的总机关。”因而，其真实情况很可能是在第一期神学会中，郭多马发挥“宝座”说而倡议，在四大得以正式通过，建立“总本部”。张石头说，总部用“总本部”三个字，类似日本人的习惯，是黄以利沙极力主张的结果。
南方总部的英文译名，《卅年专刊》说是：The General Board Of The Jesus Mission，但未说明何时启用。既然南方总部始建于一九二六年四大，故置于此。
关于第一期神学会，《十周年纪念专刊》称“本会的神学会，始办于一九二六年”；《卅年专刊》也称其为总会第一期神学会。其实是以南方为中心而称为的第一期。早在一九二二年，魏以撤在天津就已经办了一期圣灵学校了（见前述）。就真耶稣教会而言，它不是第一期。称其为总会所办的第一期，其实也不妥。因为此时“总本部”尚未建立。“总本部”是在稍后一些日子建立的。
这一期神学会的情况大致如下。
据张石头说，在张巴拿巴去台湾传道之前，就有开办神学会的打算。湖南还为此捐出了五百元作为经费。《传道记》记民国十五年三月初一（公历一九二六年四月十二日）离开台湾基隆，第二次到鼓浪屿。三月中旬到南京。于是准备神学会。
地点在南京北三区虎距关一号，是租用的房子。从一九二六年夏历四月二十日起三个月，到七月二十日止。即从公历的五月三十一日到八月二十七日。这是计划用的时间，以后是否要再延长，要“凭主指示”。简章十六条。如：名义为“真耶稣教会全国神学会”。宗旨为：“专为培养灵性起见，查考圣经，切求圣灵充足之恩赐，且与清心祷告者得日夕追求公义、信 义、仁爱、和平，而待真神差派，舍身为主耶稣作证，荣主名。”“组织，系由全国真耶稣教会共同负担成立，主任及各职事完全尽义务并无工价。由会中谁受圣灵充满，智慧充足者临时充当之。”“资格：会中长老执事及粗识文字诚实之灵胞愿意舍弃一切跟随耶稣，由各省真耶稣教会介绍负责者均能入会。男女均可。”“课程有：四福音奥妙、启示录讲解、先知预言、医病赶鬼要道、讲解难题、灵界阅历、本会规章；参考本会书报，开创栽培教会秘诀。”名额不限，不交会费，各样费用自理。各地参加者有：江苏七人：孙以利沙、邓天启、陈文国、潘成荣、胡万彬、程能骧、史徐氏。直隶为孙彼得一人。福建十九人：郭多马、卓撒该、王汉章、张云峰、林芳春、郑以巴弗、林道生、陈见信、肖路求、钱亚伯、陈马可、郭美徒、陈群羊、黄基甸、高路加、郭吕底亚、高尊新、林犹利亚、陈得恩。湖北两人：余保罗、彭得胜。湖南十人：王海光、刘尼哥拉、罗群羊、邓荣光、李运岐、谭配得、罗喜全、周安得烈、朱寿堂、唐灵光。江西一人：汪挪弗。台湾七 人：黄以利沙、张撒迦、王以兰、蔡约珥、黄雄飞、黄锦绣、杨好。山东五人：岳雅各、张腓利门、张守真、张灵真、张巴拿巴。安徽一人：周道一。讲员主任为郭多马、张巴拿巴。
这一期神学会的实际效应很难估计。从参加人员看，福建十九人，湖南十人，台湾七人，湖北两人，应当是受张巴拿巴影响最深的地方代表。在总人数五十二人中，占了大多数。对于张巴拿巴建立南方总部的作用可想而知。但恰恰在这些人当中，台湾的黄以利沙、郭多马却又使真耶稣教会坚持了民主，弄清了历史发源，张巴拿巴不得不流亡香港，这是张巴拿巴始料不及的。不过这是后话了。
这期间，湖南谭配得执事帮助会务，其夫人在乡间去世，接到电报也不回家，一直到神学会结束以后才返回老家。在这一期神学会的中间，民国十五年（一九二六）的六月一日，张巴拿巴在长沙又出版了《神恩报》。《卅年专刊》认为这是“分裂大局的又一大斧，其言论不似《儆醒报》的激烈”。只有张巴拿巴、谭配得、罗喜全三个人的“出名的稿子”；“另外还有全湘大会规定的细则，占了八分之三强”。最为重要的是“张巴拿巴本人大胆冒充发起人之文献，总算由此报开始。文长九百一十字，除了谎言而外就是毁谤夸大。首题的《末世警告》一篇也成了徒托之空言。长沙真耶稣教会之历史已染了不洁的色彩，史而不实了。罗喜全执事所论《服从》一文，因有不合理之服从，未免太过之处。盖真有神恩的越被人推崇顺服恭维，越能惧怕谨慎谦卑。但没有真恩在人的人势必促成骄傲自大自是的态度，张之跌倒不能不为一永久的鉴戒呀！”
《神恩报》，笔者未能见到，张石头《真耶稣教会历史》多有引述。《卅年专刊》所谓“张巴拿巴本人大胆冒充发起人之文献”大约是指“创办真耶稣教会之历史”一文：文中称“民国建元（一九一二），预（？予）到潍城，与灵生长老协议，开创真耶稣教会”，即言其首创“真耶稣教会”于潍城。真耶稣教会究竟首先由何人所创，本书第一编及第四编第七章，“历史真相的再补充及探索”有详细论证，此处不赘述。
由上可知张巴拿巴在一九二六年紧罗密鼓地进行了一系列活动。先是从《儆醒报》，然后神学会，其间又是《神恩报》，然后是第四次代表大会，正式确定其发起人及总负责人的地位。