这次神学会对于四大（原称三大）的召开显然是非常重要的。这从召开四大（原称三大）发到各地的公函日期就可以看出来。就在这一期神学会期间，夏历五月十二日（公历一九二六年六月二十一日）发出了召开第四次（原称三大）全体大会的公函，离神学会结束时间还有两个多月，也就是在神学会开班不到一个月的时间发出的。这其中，张巴拿巴、郭多马、谭配得等人的工作是相当紧凑、周密的。《卅年专刊》所载公函称：“本会自甲子（一九二四）七月中旬在湘省长沙开第二次全国大会（后改称三大）之后，不觉两更寒暑矣，蒙真神施恩，在这两年间，不特于各省发展灵工大有兴旺之势，且于台湾一岛亦遍设本会了。唯是山川远隔，觌面甚难，对本会应为之要务，若专靠书札征求意见，仍不足以收群策群力之效。兹逢本会开第一期全国神学会之便，又因各省长老执事来的很多，在这神学会期间，已将本会统一之办法及广传真道之计划细为讨论，而待大会之表决。故定于本年夏历七月初十起至二十日止，重开第三次全国大会，地点在南京城北三区虎踞关本会神学会处……。”公函中的这两句话是至关重要的：“在这神学会期间已将本会统一之办法及传真道之计划细为讨论。”讨论传真道之计划是教会的圣工，而细为讨论“本会统一之办法”恐怕是更加重要的事情。而所谓“统一之办法”实为成立以张巴拿巴为首的“总部”。而且是已经细为讨论完毕，只待大会批准而成为合法的了。以“统一”而完成“分裂”之最后程序。
这一期神学会结束之后，不足一个月的时间，于八月十七日（公历九月二十三日）就召开了第四次全体大会（原称三大）。
出席代表四十二人。湖南代表十一人，光长沙就有潮宗街、东门、南门、河西四处真会及湘潭、攸县、浏阳、常德四处，共八处真会代表，谭配得等十一人；福建福州、南台、秀山、福州西门、延平，古田、长乐、罗源、莆田、漳州、石码十一处，郭多马、陈见信等十四人。这两省就有二十五人，已经超过半数。江苏上海、南京、江浦、高邮四处，孙竹林、曹光洁等六人。江西南昌汪挪弗一人。安徽滁县、滁县复兴集两处三人。湖北汉口、武昌两处彭得胜等二人。北京仍只孙彼得一人。山东潍县张巴拿巴、潍县东关岳雅各二人。台湾线西黄以利沙、清水王以兰两人。张石头《真会史》说代表大部份是神学会的学员。
大会主席为张巴拿巴。
决议的主要内容有，通过会规章四十条，于开会第四日正式通过。依规章所定成立“总本部”于南京虎踞关第一号，并推选负责人七名。《四大（原称三大）纪要》未列七人姓名，在《中枢机构·历届负责人》中列名单为：总负责张巴拿巴，负责有郭多马、黄以利沙、谭配得、罗喜全、张撒迦、高路加等，共七人。大会立汪挪弗、张撒迦、王以兰、蔡约珥为执事，并行立职典礼。
关于成立总会，张石头说，早在张巴拿巴到台湾传道时，黄以利沙、郭多马等就曾进言必须设立总会，组织严密。而总会名为“总本部”是黄以利沙倡导及极力坚持的结果。议决将《圣灵报》社移交总本部办理，发行所原在南京鸡鹅巷，也迁移到虎踞关总本部，改为月刊发行。于是在实际上就成了总本部的机关报。
四大所议决的规章四十条，《卅年专刊》只在第八集治会法规中介绍为“在第四次全大（原称三大，后改称四大）时已改为九章四十条了。关于总本部与大会的职权已作初步的规定。”《总部十周年纪念专刊》则说“继至一九二六年（中华民国十五年）在南京召开第三次真耶稣教会大会时（此时本会真道，已传到日属台湾，由台湾也有选派代表来参加，打开了本来的国境观念，成为东亚大会的性质，故将‘全国’两字取消，单称为‘真耶稣教会大会’，包括外国在内。）”首先指出了这次大会由于信徒成员地域的变化导致大会名称的变化。而对于规章则为“即将第二次全国大会（即长沙三大）所议定的规章，从根本上改革，采取其中的大纲，增删作成简单的规章九章四十条，其它详细的办法，以细则补足之。”只说明了规章、细则制定方式的变化。关于总部的职权规定还有值得注意的：第十一条，总本部对于各地真会有监督取消之权；十二条，新设教会必先得总本部承认；十四条，总负责由大会推选，但其他总部负责人由总负责荐任，再由大会承认。关于总部负责人选举产生，张巴拿巴《传道记》如是记载，作：“据规章第十四条，应推选总负责。由郭多马长老提议，选我充之；各代表举手赞成。随即促我就职。但我为主作工，未敢推辞，即向众人承认就职了。当时（我）推荐负责六人，乃郭多马、黄以利沙、谭配得、罗喜全、高路加、张撒迦等六人。”张石头还指出，张巴拿巴总负责之职，还没有时间的限制，可以永远地当下去。这确定了张巴拿巴对真耶稣教会大权独揽一统天下的局面。
张巴拿巴《传道记》又总结四大（原称三大）规章说“此乃环球真耶稣教会之定例，亦为统一之办法。业已蒙主成全矣。”真耶稣教会要走向世界，要更正万国的基督教，这也是张巴拿巴的雄心壮志。
至此，张巴拿巴在组织形式上彻底完成了对真耶稣教会的控制。当然这只包括那些南方拥护他的那些会所，或者，还包括一些不明就里的会所。对于北方真耶稣教会，统揽不了。