据《卅年专刊》，在民国十七年二月十日（公历一九二八年三月一日），以“上海华德路寿品里二百四十五号真耶稣教会总本部”的名义发出了召开第五次全体代表大会（原称四次全大）的公函。这封公函的主要内容有：“本会自丙寅（一九二六）七月在南京开第四次大会（原称三大）后得以成立总本部，遂有统系之办法，迄今已两更寒暑矣，感谢主恩。在此两年间，凡事均蒙其引导莫不按规章而行，使本会联络合式，不容有假冒一流及结党自高者混迹其中。是故尤蒙真神祝福，不特灵工发展渐见于国内各地，而且详溢乎国外，选召南洋、台湾之侨胞多归奉真道。然尚不只此，亦复选召日本、印度人同为属灵之一体。此更证有神同工，真令人不禁赞美主耶稣也。”以上为说明召开五大之背景，强调了“统一”的成果及发展到国外的业绩。召开五大的目的则为：“兹因灵恩有若是之广布，而会务急待进行者亦多。若非再开全体大会以谋真道之普及东亚西欧，并促进本会‘统一’之办法岂能快收（？原复印件不清）日庄稼而实现群策群力之效乎！此所以既届应开之会期则不容缓召集，抑亦全体灵胞所深盼者也。”目的明确，继续加强“统一”，巩固已得果实。另外一个目的就是向东亚、西欧发展。同北方总会一样，也想发展成为世界性的宗教。而从实效看，真耶稣教会还是从南方发展到了国外。
时间定在阴历三月十五日至廿四日（公历五月四日至十三日）。会址在上海总本部。
五大（原称四次全大）纪要。
开会地点：原公函定在总本部，应当在上海华德路寿品里二四五号。实际上召开在上海倍开尔路瑞福里真会。时间，按计划为五月四日至十三日。
据一九二八年第三卷第五～六期《圣灵报》，出席代表三十八人：湖南周安得烈、朱恩光等两人；湖北余子芳、周郁亭、范学信等三人；安徽周道一、朱家道等两人；江苏曹光洁、高定坤、吴明道、胡万斌、那慕真、陈培德、邓天启、蒋约翰、史提多、赵靠主、赵恩光、王爱主、吴淑贞、卞兆泰、王腓力等十五人；广东李守谦、罗德天、陈更新等三人；江西汪俊臣（应为汪挪弗）；福建黄提多、钱亚伯、陈马利亚、李钜升、张提门、陈哥尼流、林登发等七人；台湾黄基甸、王耶利米、陈郭氏乔、黄郭氏却等四人；值得注意的是还有一个日本人须田彼得。
总本部出席为张巴拿巴、郭多马、黄以利沙、高路加、张撒迦等五人，谭配得，罗喜全缺席。议长张巴拿巴，书记郭美徒、郭子严。
大会议事规定廿条。
第一天开会，上午，张巴拿巴致词，强调此次大会目的为“乃在促进本会之统一，及宣传真道于各方”。郭多马报告总本部事务，谓：“前第三次大会，乃以全国大会为名义，现主道已遍中外了，故会以全体名之。”因为已经传布于“日本台湾”及南洋各地。说明了总本部成立于第三次全国大会（后改称四大）；总本部负责乃产生于上次全国大会；总本部及神学会迁至上海乃因交通便利之故；又报告了《圣灵报》的状况，及大会目的在于共商会务，特别指出要“对规章之不尽善之处，可得更改以臻完美。又对总本部近年来所办的事，是否合于机宜，请各代表指点之”。然后，由张撒迦报告总本部的会计状况。
下午，各处代表报告各地会况。各地教会情况放到各地中介绍。
第二日，安息日，休会。
第三日起至第七日，讨论规章改订案。
改订规章，增至十二章九十条。改定议案由总本部提出；其中五十四条经代表讨论，更改增删修饰，其余三十六条均照原案通过。对于按立长执之办法、裁制、权限及信徒之义务与权限，并财务之维持、财产管理、总部和支部负责之任期、经费之来源、职权等等都有改革的地方。《卅年专刊》没有说明在哪些地方做了改正。《圣灵报》一九二八年第三卷第五、六期，在《第四次全体大会纪》之后，又接续发表了黄以利沙“论本会的规章 附第四次全体大会改正之要点”一文，说明了改正之点：
首先引圣经经文说明教会制定规章的重要性，然后又说明了“本会规章之沿革”，谓：“本会规章之由来，是从张巴拿巴长老，于宣统二年（公元一九一零年），蒙真神的特选，当这末世的时候，最初受了晚雨的圣灵。后来又得了启示，于民国元年，始在山东省创办了真耶稣教会。继而到各地宣扬这末世的救恩，遍设了许多的教会于各省。但这时都是为自由的传道，只到各地传布末日的警告。尔后教会渐多，始觉要立规章，为本会统一的办法。于民国十一年（公历一九二二年），在湖北省武昌，开了第一次全国大会（后改称二大）。召集各地本会代表，议定本会规章大纲六十条。而后本会更见兴旺……到了民国十三年（一九二四年），在湖南省长沙，开了第二次全国大会（后改称三大）。将向来的规章，许多不备之处，大加增删，分为七大纲九十三条，网罗本会之创办和管理一切之事宜。继至民国十五年（一九二六年），在江苏南京，开了第三次真耶稣教会大会（后改称四大）。在此时本会的的灵道，已传到了日本台湾，由台湾也有选派代表来参加，打开了本来的国境观念，成为东亚大会的性质。将全国两字改去，单称为真耶稣教会大会，包含外国在内。而将第二次所议定的规章，从根本上改正。挪出其中的大纲，增删作成简单的规章九章四十条；其他详细的办法，以细则补足之。而后本会的范围，更扩张到南洋诸岛，本会在东亚各地，已遍设了许多的教会。故这第四次改为全体大会（后改称五大），无论传到何国，均可网罗全世界的本会，愈可证明本会是晚雨的教会，是真神自立的教会，超乎上七代教会的……。”这次规章改正之所以增加这么多，“是因为本会已传出了国外，而各国的法律，和各地的习惯彼此不同；又且教会一日增多一日，而恶魔也施其诡计，一天破坏一天，在于各地本会，受了恶魔的捣乱，已经发见了很多的弊端。倘使不乘这大会之好机，彻底的去修改规章，俾各地本会有所遵从，预防各种弊害，使本会全体有统一的办法，庶免信道未深的人，或软弱的教会，不知不觉中落在恶魔之网罗里。”
黄以利沙所论真耶稣教会之沿革，后来成为张巴拿巴之子张石头，攻击他出尔反尔的证据，值得注意。然而，黄以利沙的这些观点，或者说论点，又来自于谁呢？从黄以利沙加入真会的历史来看，只能说是来自于张巴拿巴，乃受张巴拿巴之迷惑所致。
又，从黄以利沙所论来看，有一点非常重要。即，教会规章要照顾各国不同的法律、不同的习惯，那么，各处的教会，在由教义所决定的礼仪各个方面是不可能完全一样的。这应当是一种正常现象，正如基督教传到世界各地而产生变化一样。如果，不承认这种各国各地的差别，要强行一律化，在教会内部，就只能制造纠纷。天主教在中国的传播，就出现过这种情况，见本稿第一编。
然后，黄以利沙详细论述了第四次全体大会（后改称五大）对规章所作的改正，其概如下：
一、对于长执方面：
A．立长老执事之办法。原来毫无办法规定，各地长执均可随自己意志按立，于是粗制滥造了许多长执，乃至出现甲所立与乙所立形同冰炭，党派分争。为此，第六条规定凡立长执应先得教会全体之同意，经总部同意，然后立之。
B．对于长执之裁制。对于长执之非为，甚至如传说异端、背道、有名无实、贪图世利、旷职等等现象，都向无裁制之办法。新规章的第七条、三十二条、三十三条、三十四条就做了具体规定，可以退、停、革职三种裁制办法。后来，张巴拿巴遭到革职处分应当是援用于此处之规定。
C．确定长执之权限。长执为管理教会、牧养信徒之圣职，原来的长执虽无立职权力的规定，但向来的惯例是可以立职的。而对于信徒间的争执则无有审判之权。此次规章则于第九条规定可“以长执会之审定按公义可得裁决”。第十二条则规定“有不服者可向总部上诉求其复审”，这是为了在第一审有误时的救济办法。
二、对于信徒方面：
A．信徒义务。信徒之义务要“先受本会所定的面向下的全身大水洗，并要领受所应许的圣灵，以说灵言为受圣灵之证据”。并说“这次新加入这说灵言，是因为凡受圣灵的都能说灵言。灵言乃是我们的灵，向真神交通用的，是讲说各种的奥秘，来造就自己之德。帮助我们达到完全的境地。这是本会与五旬节的教会相似，也是本会唯一属灵的教会所有的特点。”其实，面向下大水洗、受圣灵、以说方言为受圣灵的凭据，是魏保罗最初创教时的根本教义。此处为什么要说是“新”加入的呢？从教义看显然不是“新”的。或许是从大会规章角度说的？因为上次大会，一九二六年在南京召开的四大（原称三大）所定四十条中的第三条已经说到“信徒应受本会认定之水洗及灵洗”。灵洗，在魏保罗时代就是以说方言为凭据的。而方言就是灵言。那么，此处强调的应当是从规章上明确必须说灵言，即方言。这不是改变而是更完全地同魏保罗一样。
此外，又在第十条强调要“顺从圣灵不再犯罪”，即，即使受圣灵之后，也要继续“遵从圣灵的引导去行事”，否则“必渐渐离开圣灵再去犯罪，那就是无视赎罪的救恩，则不能再浴赎罪的恩典了。（《来》十章二十六节）”
B．信徒的权限。新加入的十一条，信徒监督长执的权利，向总部报告。于是长执可以劝戒或革除信徒，而信徒亦可监督长执的错处。
三、对于教会的财物方面：
A．关于教会之维持：十三条，规定均由信徒乐捐，但不得向各界募捐，要独立自治；若各界愿意帮助者则必充教会全体费用，不得供私人用；各地贫富不均，要互相帮助。
B．教会财产：向无明文规定，有的是公有，有的还在个人手中，名曰供献，实际还属个人私产，糊里糊涂，一旦争端，无从办理。于是十六条规定“凡属本会财产，均属信徒公有。而总部及支部均属其区域内本会全体之公有”。以后的办法则要依据法律，国外则要遵从各地的国法办理。又加入了一些关于财产争端要依律法行事的规定。
四、对于总部方面：
A．总部、支部负责之任期。旧规章没有任期限制，于是有人反对说，“负责是永远之职，或曲解说是夺耶稣之权”。黄以利沙批驳了这些说法，但也说“因要使一般更为明了，故这回改为总负责任期六年，总部、支部负责均为二年，但可继任。”“倘使负责在任中，如作出背道及其他不法之行为，总部以审议会之决定，可得停止其职权。”
B．总部的经费：第三十条，将原来的各地教会的“共同维持负担”六个字改为“信徒乐捐”，是为“避人误会”。三十一条规定总部经费每年必须公布在《圣灵报》上，“以证收支之正当”。
C．总部有立职、退职和惩戒之权。这是为防备背道之长执而定的。旧规章没有规定。新规章则定“如长执有不法之行为，或离道背教之事，可惩戒或令其退职。但因私事不能尽职之时，可自向总部请求退职。（第三十三条）”
D．对于支部所关之事
支部，旧规章是以省县为标准，而这次改正则打破省县境界。如有必要，无论何处，有三个教会以上连名，请求总部之承认皆可建立。以地理上的必要为标准。
E．总部审判权。总部对各地真会之控诉有审判权，对各地长执会之判决，有不服上诉时有复审之权。
五、对于大会方面。大会改为全体大会及支部大会两级。全体大会的代表原规章以教会为单位，这次作为以支部为单位；如无支部则仍以教会为单位。代表人数以该地信徒多少由总部酌定。出席支部大会之代表则由“该地本会选派二人参加”。
更为重要的是规定了大会对于总部负责人的监督之权。原规章对于总部没有规定监督之权。总部负责的行为非道，也没有明示办法。这次规章才添加“大会有弹劾总部之权”。是为了防止“总部有越权专制或背道之行动，贻害全体教会。”
六、对于传道方面：也加强了对传道人的管理。凡传道人必携总部、支部或各地真会之介绍公函，以防假冒。经济上由各差派者酌额给与，不许领受各地金钱之补助，以免因此而出现弊害。各地教会如发现传道人有背道之时，当从速报告总部。
七、关于教会的管理。主要在第九章。涉及会堂不得贷与别用、信徒名簿及国法上必要之簿册、住堂的管理者补助费、对背道信徒的劝戒、革除，不得接待无公函的传道者等等。
八、关于神学会。改为不定期，地址、期间均由总部酌定。各地要开办时可向总部磋商，费用由各地负担。
由上可知，这次大会新定之规章，改革之重点是在对总部人员、长老、执事、传道人的监督与管理。远非当初只凭信心热情传播阶段可比。作为教会的组织已经相当成熟了。这应该是一些层次、素质较高的人士入会以后，发现教会组织上的一些缺欠，从而推动了教会组织的成熟化及民主化。而由于教会完全是由信仰一致而组成，因而这种民主化的特点就更形突出。
特别要指出的是，这次规章改正，规定了总负责的任期，而不是没有期限，虽然黄以利沙批判了反对者的一些言论。其次是规定了全体大会对总部负责的弹劾权。这两条改正对于张巴拿巴的专权来说，显然是个限制。真耶稣教会民主机制逐渐完善。
大会重新改选了总本部负责人。总本部负责因任期已满，全部辞职。然后由大会推举总负责一人，再经总负责荐任负责七名，得大会之承认。选举伊始，张巴拿巴表示“被荐为总部负责，至今业已二年，理当另选。加以负责以来，对所有工作，自知不无欠当之处。第一问心，深滋歉然。兹值本届全体大会各代表在会之时，我等理当辞职，让与贤能，以期会务管理，更得其善后。”于是众负责即时向大会卸任。张巴拿巴虽有“深兹歉然”、“让与贤能”之词，然而，如果从他后来的表现来看，显然是口不由心的。然后，曹光洁发言，略谓：“本会自创始至今，历有十余年，教会遍设各省，且传及外洋，使教会兴旺，而有今日之可观。虽云主旨使然，神力所致，然亦藉巴拿巴长老多年为主忠勤，力传真道。奋斗十余年，靠主未尝不胜。致于今，会务有如是之进行，措本会如盘石之安，可知神命所在，正欲得成其旨意也。今者，张长老告辞其责，意欲付诸他人，似此谦让，非出所宜。”坚持倡议仍旧推选张巴拿巴继任总负责，“于是全体起（立）向张长老致意”。张致谢意。于是，张巴拿巴当选为总负责。次日，大会第八天，由总负责张巴拿巴荐任总部其他负责人。“先经总负责荐任继任者，为黄以利沙”。而黄力辞，理由是要回台传道。经张巴拿巴及众代表力挽，亦不敢推辞。其他几个负责人，荐任为郭多马、罗喜全、张撒迦、邓天启、钱亚伯、高路加。再由大会承认。张巴拿巴首荐之黄以利沙为“继任者”，当为“继张巴拿巴之任者”，这个做法的记载，笔者仅见于此，他处不见。
此时之真耶稣教会的总部负责人，由总部的总负责推荐，再由大会认可的选举办法，显然是不民主的，给张巴拿巴网罗心腹、专制独裁创造了条件。它不合乎当时社会已经出现的民主共和的潮流。或许，这就是张巴拿巴自分裂真耶稣教会以来，一贯作法的结果。但是，随着教会的发展，信徒日益增多，一些有文化、有知识、有民主意识的信徒加入，必然要对这种专制遗风发动冲击。历史正是这样发展的，恰恰就是张巴拿巴推荐的心腹，使其不能独裁，造成他最终被革职下台，远走香港、另起炉灶的结果。详情待后话再说。
张巴拿巴荐任朱恩光为总部传道，大会承认。这应当是第一次出现的总部传道之职。
“总本部”如何又于何时改称为“总部”？《卅年专刊》第十一集“中枢机构”说，是“总本部迁到上海以后，经第四次全大决议改总本部为总部。”“第四次全大”，按《卅年专刊》的排序，应当是原来的第三次全大，召开于公历一九二六年的八月十七日至二十一日，地点在南京虎距关一号。而据前述，此次大会是“总本部”初建之时，《卅年专刊》此处有误。如果《卅年专刊》此处“四大”之排序仍为原来南方总部的排序，那么，应该是一九二八年召开的“四大（后改称五大）”者。现在看看《圣灵报》一九二八年第三卷第五、六期“第四次（后改称五大）全体大会纪”记载的一个插曲。在张巴拿巴推选为总负责之后，张巴拿巴荐任其他总本部负责人之前，郭多马有一个发言，除提出“荐任总部之负责，不欲专以一省一地之长执为之，要各国各地本会，皆宜选出长执”的意见之外，又报告了福建兴化真会的一个提案，其中提出：①“总本部”改为“总会”；②“总负责”改为“总服务”。但兴化真会这个提案寄到大会已经为时过晚，大会收到提案时，已是大会的第七天，规章讨论已经结束。但郭多马以为“虽然，理应为之提出，付于公决”。最后，由于江西代表汪挪弗以为时已晚，且在讨论规章时已经涉及，加以反对，大会没有讨论。那么，这次大会没有将“总本部”改为“总会”。但是否改为“总部”呢？在“第四次全体大会（后改称五大）纪”中没有找到明确记载。但有“总部”之说法：规章改定案系由“总本部”提出；全部规章通过之后，张巴拿巴为总负责邀同“总部”各负责起立致辞，说我等由前第三次全国大会被荐为“总部”负责。这些说法是“总本部”与“总部”通用者，均指原来的“总本部”。在规章改定、总负责及其他负责人选定之后，对总部的称谓也是“总部”。想从“大会纪”的文笔措词中寻找改变称谓的迹象，也无可能。
但是，自此以后，凡见于记载者均为“总部”而不再称为“总本部”。
总部地点的变化，《卅年专刊》十一集论述中枢机构时称，说总本部由南京迁上海华德路寿品里第二四五号，在民国十六年十月二十日（公历一九二七年十一月十三日），在这里有一年一个月。至十七年（公历一九二八年）再移至宝山路第八五零号，与对面横滨路口八二零号。在哪个月份迁的没有记载。但前面既然说在华德路寿品里有一年零一个月，则迁至宝山路应在一九二八年的十二月十三日。但这个记载与第三期神学会的举行时间相矛盾。因为这期神学会是在一九二八年十一月二十八日在上海宝山路八五零号“总部”举行的。则总部迁到宝山路必在十一月二十八日之前，而不是十二月十三日。
在政府成功立案。
前面说到，北方总会虽然励精图治，惨淡经营，但在政府立案却未能成功。而南方总部却在政府成功立案。相关资料，在《真耶稣教会总部十周年纪念专刊》上找到了上海特别市政府批示和内政部批示而外，又找到一九三四年召开八大（后改称九大）之后，在向政府呈请备案的文件中有：“（民国）十七年（公历一九二八年），曾用总代表张巴拿巴之名义在内政部呈准立案”一语。《卅年专刊》则说：“从中央建都南京乃在内政部呈准立案，于十七年十月二五日（公历十二月六日）经由上海市政府转给一一五二号准予备案之批示。”并刊载了内政部的批示。
《十周年纪念专刊》转载的两个文件内容如下：
上海特别市政府批示：
“上海特别市政府批第一一零九号
原具呈人真耶稣教会总代表张巴拿巴
呈乙件 为设立真耶稣教会布传真道，请予立案，由
呈及会章均悉。当经本府令，据社会局会同查覆，据称该会既由国人组织，又重研究真理，并不向各界募捐，且不愿为帝国主义之后援。宗旨尚属纯正。据此应准备案。除
咨
内政部查照外，仰即知照。此批。
会章及人数表存。
中华民国十七年十月八日 市长张 ”
国府内政部批示：
“经由上海市政府照转
第一一五二号
查该会为传布真道，前请立案。前来当经本府第一一零九号批准备案并咨请
内政部查照，各在案。兹准
内政部函开，查此案，前据该张巴拿巴呈请立案，到部当批。以教会立案，须呈经所在地方官署核转等语，兹准前因，相应准予备案。希查照转饬知照等，合行批示知照。此批。
中华民国十七年十月廿五日”
这两个文件是很重要的，南方总部取得了合法地位。就真耶稣教会内部而言，它涉及到以后新的斗争。