在一九四七年召开的第十一届全体代表大会上，福建支会代表张提门报告说：“抗战以前，教会很发展，抗战后，交通不便，教会阻碍；加以假弟兄之搅扰，故同人越努力推动，仇敌越实行阻拦。故往前十年，创六十会；十年后，开展之教会尚不足十处，本人非常惭愧。”这个报告太笼统，许多详细情况无法得知。
在这个历史阶段，陈光藻《真耶稣教会总会及部分省县分会简史》一书颇多涉及，但多集中在莆田。
一九三六年在黄石堂设立“莆东区办事处”，负责管理莆田、南洋及沿海各教会及祈祷所。由龚那翁任主任；唐向标、林亨、朱永奎、林推基古、张朝朗、邹道基、林道明、林瑞、洪载智（阿开）等为传道。一九三七年，在涵江堂设立“莆北区办事处”，李路加为主任兼传道，还有郑永生、陈启磐、陈永斌、陈信坚等人为传道。
一九三九年，日军已经占领金门，经常空袭莆田，但一直未能占领莆田，只占据了北边的福清渔溪，及南面的惠安。
一九四零年（陈光藻又一说在一九四一年），祁志忠、洪载智、黄鉴湖三人以反对支部某些人为名，在江东堂自行组织“莆中办事处”。以祁志忠为主任，洪载智为副主任；林仲甫、庞荣春、林文茂、陈玉书、朱琼枝（即枝孙舍）等人为传道。割据江东、清江、镇前、后郭、畅山、青宅、新浦、哆头以及北高等各会所与“莆东”、“莆北”办事处分庭抗礼，公开分裂莆田教会。一九四四年，朱琼枝在新浦堂晚间聚会时讲道，死在台上。一九四六年正月，在黄石堂建立“莆东北办事处”，仍选龚那翁为主任，唐向标为副主任，陈光藻为文书；传道有林亨、朱永奎、林推基古、张朝朗、邹道基、林道明、林瑞、陈信坚、陈启磐。李路加、陈文斌已去世，把原来“莆中”办事处所属各堂组织起来。
一九四七年，总会派周安得烈、酆荣光到福建；周安得烈力主莆田两派合一。九月，在莆田召开全县代表大会，成立“莆田县分会”，取消“莆东北”和“莆中”两个办事处，选酆荣光任理事长，龚那翁、宋步梯（亚波罗）两长老任常务理事；林推基古、张朝朗、林亨、林道明、郑彼得（春荣）为理事。
选举结果，洪载智落选，理事中洪之同伙也较少，就想从中破坏。提议全县各会分成三个区，藉此分裂。酆荣光起初不察，后觉不妥，遂在涵江堂召开县分会理事会议。洪载智、祁志忠等密谋，捣乱。届时洪、祁一伙大打出手。由于郑美华通报龚那翁长女龚玉珠，龚玉珠报警，事态方才平息，而大会当然也流产了。
不久，洪、祁的骨干，四十五岁的庞荣春腹胀病去世。洪、祁继续进行分裂活动。祁于一九五一年，因罪大恶极被处死刑，洪则于一九五八年死去。
在此还需要交待一笔的是，即当初反对总部制定规章而另组“耶稣圣神教会”的林西拉（何西）、陈见信的情况。前面已经提到，陈见信在一九三三年八月，在莆田参加“闽南支部代表大会”及灵恩大会时，在众人面前跪在台前，认罪祷告，弃邪归正，坚决脱离林西拉、陈子瞻的分裂集团。一九四七年，在福州召开的福建支部代表大会上，由周安得烈给陈见信按手恢复长老圣职。陈子瞻则因与一妇人通奸，一九四三年，被群众打死，丢入一污水坑中。林西拉在福州开牙科，一九五一年，因罪大恶极，被处死刑。
在这个阶段，关于福建支会，《卅年专刊》毫无记载。所见者，在福建各地活动范围较广的仍然只见李国良。在《卅年专刊》“受警戒回头事主”一文中记曰：一九三八年，李在丰谭传道。受聘与王鸿云在南城头开办教会。一九三九年在高山一带传道。一九四零年，在平潭组织考究圣经会。一九四一年，李国良在三山区会重修教堂。李国良自证说：“三十年（一九四一），民军入（平）潭，对信徒聚会发生阻碍，请我前去。至平港，遇民军开枪将船迫入良宫澳。将我押到江边枪毙。我大声祷告。有良民出而作证，被释放。为避民军，与谭子灵胞游金川。江中大风浪，我二人祷告，蒙主救到大福本会。后往西山墩湖南本会工作，后回家。又有半民军哄我到僻静之处，将我推倒，向我头上放枪。主保护，枪子弹由枪盖上出去，我即跑了。全队将教会四面围住，由林圣桂等说情了结。”一九四二年，“群会返舍”。三月，染时瘟，传染一家八十人，妻媳相继去世。经张执事劝解，一九四三年又重新“为主作工。”李国良自证中有些事情，于今难以考释。“民军”及“半民军”为何许部队不详，或为地方民团一类的武装？李国良与他们究竟结下什么样的仇结不详。
下面分述各地概况。
虎邱区会
据何永生的撰述，到一九三六年，何章惠因为家庭经济困难，身任联保主任，“教会乏人帮助，渐渐衰微。惠之所为不悦于神，苦难甚大，教会亦受迫逐。及三十三年（一九四四）惠自悔过，专心办理教会。神乃施大恩，教会颇得进展。得四榻厝屋一座为会堂，整理颇雅，神恩极厚。”虎邱区会自一九三六年起开始衰微，历经七八年的时间，到一九四四年方才恢复，时间不谓不短。只是因为群龙无首，才渐渐式微。
三山区会
前面讲到一九三四年八月开始组织教会，后因人员发展“愿献堂所”。在一九三六年造墙，一九三八年铺平天井，一九三九年向王朱仔赎房屋三间。一九四一年李国良又重修教堂，信徒们大力协助，告竣。但最初“蒙恩”的王红红“忘恩叛逆，从恩典中堕落”。不过，不知堕落的细情是什么。
南城头区会
到一九四一年受战争影响，教会渐渐衰微。但无详情记载。
海口区会
一九四零年，林传炳等遭日机轰炸，惨伤六人。当年十二月十六日，周发瑾召集信徒会议，迁移到东阁村，暂借陈昌传家拜神。历时三年，一九四三年迁回海口，照常守安息。
后耀区会
到一九四二年，江厝村、白鹤村、荒江村的教会分出来，成立了江厝区会。《卅年专刊》十五集，《各地本会概况统计表》中作一九四三年创会，创始者为江纪朝。
江厝区会
先是在一九三七年，江厝的江纪调（江纪调、江纪朝是否为一人，不详。）患“肚腹隔蛊之病，兼疯毒之痛”，服药问卜全无功效。到农历九月二十七日进入后耀区会，“蒙主拯救，得以痊愈。”到一九三八年，引导五家人，在本地设立祈祷所。附属后耀区会管理。安息日往后耀拜神，而下午及晚会则在本处祈祷所。到一九四二年的十二月，翁绳鋆“受神迫立本会。”他的小女儿美珠死去活来，祈祷无效。后在安息夜迫切祷告，求主指点有什么缺点。“主显示叫他提倡设立教会。”翁绳鋆遂到江厝、程（？埕）边、白鹤各乡运动，大家都同意。但江纪调“灵性软弱”。后来曾被试炼：“一个小女离世”。眼看教会不能成立。“原来神的旨意有奥秘存在，非人能尽知之。”后来江纪财之女，又患重病，死去活来，祈祷也不生效。到一九四三年元月初二，翁绳鋆又来江厝，找江纪调同往白鹤村祈祷所开议事会，成立教会。而江纪调因被试炼后心起敬畏，即刻同翁绳鋆前往白鹤。“蒙神的爱感动各同灵的心，合一奋勇决议设立。”初三这一天，“同（守珍）会姆同来江厝”。向他亲戚租厝，并为纪财之女祈祷。纪财夫妇答应说，教会如能成立，他愿意献身，料理会内的一切庶务。“即时，他小女两眼开起，即夜能食物，就好完全。致各人见此神能，即同心合意。”初四设立，二十三日开成立大会。高义钿主任同翁绳鋆传道前来监示选举负责人及一切手续。而当天，“主引导”“疯软多年”已经濒临死亡的江兆基一家进入教会，“蒙主鸿恩，救他复活”。
洋门区会。没有关于区会的记载，但龙洋门村倪立福的见证涉及到洋门。一九四零年的四月十七日，有数十匪徒闯入倪立福家，抢劫财物并将倪毒打。一九四一年，倪立福手掌患无名肿毒，疼痛异常，进龙田医院月余，无效。“蒙传道人劝我一心靠主，果得主恩，疮疾得愈”。“这数年蒙主可怜，诸事顺利，家业复原。感谢真神在我身上显出他的大能，阿们！”
薛港区会。没有关于区会的记载。但有一篇神迹奇事涉及薛港。陈木金做的见证，题为“霍乱死去，圣灵救回”。陈木金原是天主教信徒。一九四零年往山场，染患瘟毒，腿脚肿疼。有病乱投医，请传道人、请中西医、请鬼念咒，都是徒然，奄奄待毙。到一九四一年正月，陈木金胞姐返家，“见证真耶稣教会，才有神恩。由此弃邪归正，入了本会。薛港分会请灵胞代祷，日见痊愈。”
在这个阶段中，福建新建教会，据《卅年专刊》统计表，有一九三七年九月，曾文辉创莆田东门外埭头村埭头区会、郑久信创莆田平海的平海区会、游金阿创平潭县乾湖埔区会。
所创祈祷所为：
一九三七年在莆田东关外埭头刘厝创祈祷所。埭头山顶创祈祷所。福清江阴岛城头村创祈祷所。十二月，在莆田北高镇后埔村创祈祷所。一九三八年，莆田北高镇山前村祈祷所。海口镇东耀村祈祷所。四月，洪载智创莆田渠桥镇青它村区会。一九四零年，创莆田黄石镇清江村小桥祈祷所。一九四一年三月，创莆田北高镇高林村祈祷所。九月，创北高镇美澜村祈祷所。一九四三年江纪朝（？）创江厝区会。