一九三七年，南京失陷，国民党将首都迁到了重庆。《卅年专刊》说，真耶稣教会“自抗战军兴以还，前沦陷区与后方隔绝，领导困难。为仰体政府抗建之大业，领导后方之各本会起见，有驻渝办事处之组织。”在一九四二年五月一日，成立真耶稣教会总会驻渝办事处。社会部发文组五字二七七五二号指令，准予备案。办事处由吴约翰任主任、郭子民任总干事。名义上，上海总部仍为真会之总部，实际上驻渝办事处成了国民党政府控制区之内真会的总部。
一九四二年冬，“举世战争正酣之际，魏长老领导全体禁食三日，祈祷世界和平大会”。在什么地方举行的不详。其它更多的相关资料也找不到。
一九四三年三月，社会部组五字第四三三三三号训令“以上海全部沦陷，该总会无留沪之必要，令饬即办内迁手续，并调整组织具报”。驻渝办事处接到此令之后，在四月十八日，以办字第一零一号通函上海总会，并福建的郭多马，以及当时在天津的魏以撒，以及各个支部理监事会，以便公决是内迁还是不内迁。但是，真会的支会、分会很多，散居前方后方各地，战事险阻，虽然函电频繁，一时之间也难以解决。当年六月八日，社会部在重庆召开宗教慈善团体联席会，在会上又当面催促真耶稣教会的代表，迅速将总会内迁。驻渝办事处又以办字第一五八号通函总会各理事、以及各省市紧急转告社会部的意见，并征求对总会内迁的具体意见。上海总会常务理事在当年 八月八日决议：“以上海为国际总会，以重庆为中国总会。”如此，若将驻渝办事处改为中国总会，则“总会内迁”之事只须一纸备案即可完成。驻渝办事处遂向社会部呈请批准在当年的十一月一日把真耶稣教会驻渝办事处改为中国总会，并请颁图记一颗，以资启用。但社会部没有同意这个通融的办法，复在十一月二十九日，社会部发组四字第五六八三四号指令“仰先将内迁手续办理完竣，并依法调整组织具报，再行核办”。驻渝办事处遂又复函上海总会并各省支部说明上情，坚请将全体总会迁渝。经过一段时间酝酿，各地分会一致同意总会迁渝。首先是一九四三年五月二十二日接到福建各分会一致赞同的复函。十二月三十一日湖南支会复函云：“关于总会内迁问题，政府既一再催办，本支部即召开理监事会议，决议为总会迁渝关系整个大局，自应一致拥护，所拟办法两点，全体表决，通过赞成，祈速执行”。七月三日，接到湖北省支部施兴（？恩施。时湖北支部已迁至恩施。）真字第二六号函：“本支部召开理监事会研讨结果，一致赞成。遵部令迁渝，以便统一指挥，加强组织，协助政府建国大策，意义至为重大。”一九四四年元月十四日又接河南支部复函：“部令饬赶办总会内迁手续，全豫本会均赞成来函拟就之两点办法：㈠总会迁渝，由魏郭两理事入川主持；㈡原总会改为驻沪办事处，暂由张蒋二位理事主持，领导沦陷区各地本会之进行，以奠定本会基础，并分函天津魏理事提前入川主持。”一月三十日，上海总会张、蒋两理事遂放弃原来的主张，复函：“郭多马长老来函业已赞成总会迁渝，情势如此，同人尚复何言，只得依照五月之来函，谨遵政府训令将总会迁渝，但上海暂不能设总会驻沪办事处，只得以真耶稣教会名之。而八月八日之通函及续寄之各信，所谓改渝处为中国总部各情者，均即取消作废可也。除函郭魏二位常务理事速即赴渝主持外，特此函达。”
正在真耶稣教会逐步取得一致意见的过程中，三月十七日社会部又再一次催促，组四字第六三八五零号训令内开：“查非常时期人民团体组织法公布以后，所有本部直辖团体组织，多已遵照调整、呈准立案。惟该会尚未遵办，合亟令仰于本年度（一九四四）内将该会组织依法调整具报为要，此令。”驻渝办事处遂一再函呈留沪总部及各省分支会。一九四四年的五月三日，陕西支部又来函表示“总会迁渝，在原则上一致赞成，并欢迎郭魏二领袖入川主持领导”云云。
魏以撒“本可顺便入川，然以兹事体大，事关全局，实非一二人所能自主者。乃亲赴豫、鲁、江、浙、平、津、东北各地之本会磋商，均能一致拥护总会之内迁。”
魏以撒到各地磋商的行程、时间，从各方记载来看，已不可考。从前述记载来看，只知一九四三年的四月十八日时，应在天津。十大选举的理事长高大龄已然于一九四二年去世，享年八十六岁。各地推魏以撒为理事长。魏以撒遂由天津经河南辗转到宝鸡，于十月廿四日，飞抵重庆，主持大局。
而郭多马年事已高，身在闽南，接到各方面的函电，亦携子郭子严动身赴渝。不料竟为湖南战事所阻，在永安滞留三个月之久。战况日趋恶劣，终于完全隔断，无法赶到重庆，不得已又返回福建。六月廿一日，郭多马由永安发函，略谓：“始于六月一日抵永安，满拟兼程赶往，不料湘战紧张，恐中途受困，未便冒行。帷（？惟）总会内迁，已为神旨所在，既定决策仍应照常进行，并不因余等此行暂受意外阻搁。如魏理事已到渝，尽可呈报政府，总会内迁，因时制宜决定一切。”
魏以撒得以“因时制宜，决定一切”，这在真耶稣教会总部的人事作用当中，是个非常重要的转变：魏以撒取得了决定性的主导地位。这是由当时客观形势的演变，又加以魏以撒年青力壮这个有利条件决定的。而这一点又给真耶稣教会的发展带来了决定性的影响，此乃後话了。
一九四四年九月八日，真会又以办字第四号呈文报请核备在案。十月廿四日魏以撒飞抵重庆，于十一月二十七日以总字第九五二号正式呈文社会部报请备案。附呈：“⒈本会简史与信念目的；⒉本会会章；⒊本总会迁渝概况报告；⒋现在职员略历各一份。”在“本会简史与信念目的”一目中，关于“兴起”、“简史”、“沿革与进展”已见本稿各编各章，不再重复。其中有几项内容未能涉及，兹摘录于下：
“本会推广与中国之利益：爱国之心人皆有之，虽大圣先贤亦未有不爱其国者也。外人来华传教，不能虽谓皆负侦探之使命者，然返国后有人问及中国见闻，自必言于无意之中矣。再若中外交兵之日，此外国教士必能为该国军兵之导引者，事实亦曾见不鲜矣。基此言之，本会所到之处亦即我国国旗飘荡之处也，更为我三民主义介绍之所也。宣扬东方文化、传达我国善政、融洽所到之民族，必增高我国际地位于无形矣。欧美基督教立国，此本会推广者不以本会推进何以深入其土，为我国莫大利益也，明矣！”
“中国需要本会：木茂本固，源浚流长，此欧美富强之现况耶！或曰其故安在？曰，国以耶教定之为国教，民信之而为己宝，全民之知识由是而增长，其文化由是普遍，其社会国家之组织由是而奠立。中国今日仍数千年不变之陈腐，迷信拜物是非不分。只知爱己不知爱人，只知利家不知利国，散砂成性，贪暴横行，根性不善，有非法律教育之所能及者。若得本会推而行之，将不久皆可成为弃旧更新、改邪归正之良民，国家富强与欧美之并驾，指顾间之事耳！我百分之八十五以上乡民可爱而深可悯，其衣食住行之狼狈有异于禽兽者几希矣，其礼义廉耻之丧失甚或有不如良乌义畜之可传也。类如国难当头万分严重之际，非捆而不肯入伍，非打而不肯纳粮。都市民众则花天酒地似不知国难为何物也。哀莫大于心死，此皆失教化之故耳。非有真宗教之力以挽之，将必日趋败落可断言也。”
“本会必能普及全球：不论物质之进化，抑宗教之发祥，我东方人，尤其中国人，皆得列为先进之地位实非过言也。良以自私心切、利令智昏，无牺牲之精神，乃至百事不振。今日若能体天下为公之道，实行天下为公之法则，科学宗教再居于领导地位，必非难能之事也。本会有鉴及此，咸曰西人可以传教于东方，何为华人不能传教于西方耶？况耶教乃亚洲之产物，焉知被西方所得者非其皮毛乎？耶教经典之奥秘，西方同道果尽掘而无遗耶！彼西国同道果得耶教之全豹耶？由是乃从多方面深加探讨焉！一即由于《圣经》之本身；二者再考西国已有之各会；三者追求人灵之交通；四者蒐罗各教教义；五者参酌近代科学之原理，结果俱有伟大之成就在。《圣经》中复发现若干真理为西国耶教徒尚未发现者，在西国各会之分歧，近将千余种之多，此长彼短，五光十色。本会同道根据‘择善而从，不善而改’之儒训，对西国各会痛下搜罗研讨工夫，乃至集其庞杂各会之大成矣！再则宗教之用非徒伦理之扩演，要以有无圣灵之分别也。本会同道于此已有所得焉！若彼西国耶教之某会有一善之传，尚能普及全球，本会则兼而有之者，岂有不普及全球之理乎！彼西国同道赠吾以粮，吾将赠之以饼也；彼送吾棉花，吾将返其成品矣！一若吾国售之以铁而购之以钢焉。又如运去以皮毛返回以呢焉。有此认识，本会胡为不可传遍全球乎！只在自强不息，牺牲以赴耳。如我贤明政府各首长给以同情之援助，必更有风偃顺舟之势矣！”
“本会对于三民主义之认识：三民主义之理论制度深与《圣经》原意相合，当摩西领以色列民出埃及国时，即因其为奴隶无民权之可言。民生艰苦，不给柴而每日如数缴砖；民族危殆，所生男孩一律杀害。于是乃有摩西之率领以民出离为奴之家，而创建民有、民治、民享之神权民主共和政体。正如我国孙中山总理之创始，我委座所完成者也。是以本会之组织制度亦欲尽力符合三民主义之制度也。”
“本会对于抗建事功之努力：抗战建国乃人人之天职，虽本会十尽八九皆在陷区，然效忠国家之本分当永为残人所不能奇者。举凡献捐金物、救济难民、救护伤兵、募捐慰劳、掩护政府所派之工作人员，无不尽力而为之。”
以上之摘录对于了解真耶稣教会之理念，对了解真会领袖人物的世界观是非常重要的，对于更深刻地了解真耶稣教会历史发展阶段的变化也是非常必要的。。
首先，其中有些说法看起来好象不再是魏保罗的唯我真耶稣教会才是“真”，西方各公会均为“假”了。对西方耶教及真会“同灵”一概都称为“同道”。附带说一句，真耶稣教会的传播方式，早就已经不象魏保罗那样“专门”去找各公会“更正”了，虽然在记载中还有“更正”的内容，已经只是个别情况了。只是这种变化从什么时间开始的无法断定，因为这是一种渐进的过程。此外，在总会迁渝备案文件中的“本会之兴起”一栏中，称魏保罗于“光绪二十七年（一九零一）,加入基督教伦敦会,即认为该会名称显有文化侵略性，乃脱离西人,在北京崇文门外磁器口,首建北京第一座华人自立之教会。然所得之教义，仍如欧美各国染色之信仰。渐知西人来华所传之会不下一百七十余种，更且彼此攻讦，令华人信仰无所适从。入教十六年之久，尽心研讨各会之所长，摘与《圣经》中有根据者独自信守之。直到民国六年（一九一七）五月一日，竟蒙主耶稣之显现召选，乃抛卸世事传真道而有真耶稣教会之发起也。”这和魏保罗初期创教的原始文件的记载相比较，如与《圣灵真见证书》记载的创建活动相比，同《万国更正教报》上的记载相比，已然发生变化。已经不再是西方各公会“全假”，而只是“染色”；并研讨各会之所“长”。也就是说，魏以撒对其父的评价和魏保罗自己对自己的评价已经发生了变化，不一样了。而在此处关于真耶稣教会的教义由来则有更进一步的阐述：如断言“西方同道”对于“圣经”肯定未能“掘而无遗”，未得“耶教之全豹”，所得只是“皮毛”，而真耶稣教会则是从五个方面对“耶教”进行了研究和探索，“择善而从，不善而改”，“集……各会之大成”，更何况只有真耶稣教会才有“圣灵”，于是，只有真耶稣教会才是“真教会”！仍然还是“唯我独真”！
其次，直截了当、明确无误地提出了真耶稣教会的政治历史任务，以及，真耶稣教会所应该具有的政治地位。欧美各国富强的原因在于“国以耶教定之为国教”，在于“欧美基督教立国”。而中国呢?“中国需要本会。”在“对三民主义的认识”一栏中,断言“三民主义理论制度深与《圣经》原意相合”，摩西“创建有民有、民治、民享之神权民主共和政体，‘正如’我国孙中山总理之创始，我委座所完成者也。是以本会之组织制度亦欲尽力符合三民主义之制度也。” “若得本会推而行之……国家富强与欧美之并驾……指顾间之事耳。”当此“国难当头万分严重之际……非有真宗教之力以挽之，将必日趋败落可断言也。”也就是说，只有真耶稣教会才是“真宗教”，如果以真耶稣教会为“国教”，则“国家富强”而且只在“指顾之间”；而在当今“国难当头”之际，只有真耶稣教会才能力挽狂澜。
这一次表态，在真耶稣教会发展的历史上，是破天荒的第一次，是在此以前的资料记载中从未出现过的。在真耶稣教会的历史发展过程中，是一个极其重要的新的发展阶段的开始。当然，在抗日战争的紧要关头，表现出支持政府当局抗日的爱国热忱是应当的，应该是值得赞扬的。这和当初魏保罗在第一次世界大战中的“天家无祖国”的思想是不可同日而语的，因为时代背景不同了，民族矛盾已经白刃化，已经关系到中华民族的存亡了。问题是，真耶稣教会从此奠定了“国教思想”，以后则继续发展，并不断提升，见后述。