清除张巴拿巴的行动，实际上是从第五次临时全体大会（后改称六大）开始的。
六大，从一九二九年九月一日召开，到十二日结束，共计十二天。会址在上海宝山路八二零号真会。《真耶稣教会总部十周年纪念专刊》作第五次临时全体大会，这是在没有追认于北京召开的“一大”时的称谓。出席代表有二十七人。山东有张灵生；湖南有谭配得、周安得烈、韦雅各、曾圣辉、邹尼迦挪；福建有蔡彼得、陈马利亚、林犹利亚；闽南有萧仕提反、陈提摩太、庄宗灼、张陈季吴；江西有汪挪弗；湖北有余保罗；南京有李经邦、吴约亚拿；上海有史提多、蒋约翰、吴道生；台湾有王耶利米、蔡亚居拉；日本有须田清基；安徽有周道一、张俊臣、胡信全；汕头有陈更新。总部负责为张巴拿巴、郭多马、黄以利沙、高路加、张撒迦、钱亚伯、罗喜全、邓天启。议长为张巴拿巴；书记为钱亚伯、罗喜全。
这次代表大会是一次很重要的会议。
六大开始审查真耶稣教会的发源，参加审查的人员是当时参加六大的全体代表及全体总部的负责人。审查结果，《总部十周年纪念专刊》记载如下：
“本会发源的暂定：
根据张灵生与张巴拿巴二人自述
一、真耶稣教会，发源于中国之山东潍县。
二、张灵生长老，系宣统元年（一九零九）十二月二十一日（一九一零年一月三十一日）在家里受圣灵以后，自己创办耶稣真教会，迄民国元年（一九一二），始与张巴拿巴长老协办真耶稣教会。
三、张巴拿巴长老系宣统二年（一九一零）三月十六日（一九一零年四月二十五日），在旷野祷告时受圣灵。后来请张灵生长老为他施洗，系宣统三年（一九一一）二月十一日（一九一一年三月十一日）。
四、张灵生长老请张巴拿巴长老为他施洗，系民国八年（一九一九）阴历正月二十七日（一九一九年二月二十七日）。
五、张巴拿巴长老，得主启示，命其向南方传道。自民国八年（一九一九）起向南方传道，是出于主之命令。
六、张灵生长老在山东潍县保守教会，专传求灵洗，受大水洗，守安息日。
七、真耶稣教会与万国更正教联合，系在民国八年（一九一九），因魏保罗恩波，请张灵生长老到北京，立张灵生长老为监督。
八、真耶稣教会与万国更正教分开，系在民国九年（一九二零）魏保罗去世，耶可心传出异端，张灵生长老辞去监督之职。
九、真耶稣教会在湘鄂苏闽等省所有万国更正教混乱之种子，自民国十四年（一九二五）冬季印发《儆醒报》之后，陆续铲除净尽。”
以上是六大根据张灵生、张巴拿巴二人“自述”作的决议，是“暂定”的决议。
二张自述中最重要的关键是第二条：张灵生于宣统元年自办“耶稣真教会”，到“民国元年（一九一二）始与张巴拿巴长老协办真耶稣教会”。这就是《卅年专刊》所说，张灵生“在上海召开第六次全大时，为张殿举所威慑，将发起人之头衔拱手让出”的结果。只是如何威慑《卅年专刊》没有说，不详。
除了清查历史发源之外，这次大会还对规章进行了改正，改正的规章共计十三章一百二十条。
这次改正的规章，其特点，《总部十周年纪念专刊》是这样说明的。在南京召开的第三次全体大会（即一九二六年在南京召开的代表大会，后来称为四大）所议定的规章，其目的是为了“先集权于总部，使各地与总部发生了密接的关系”。经过三年之后，“各地本会也深知非成立总部不能联络为一体，可说对于总部的必须存在，已经有透骨的认识了。”所以“就当把从来的中央集权改为地方分权，使各地的肢体得以自由活动”，以免集权而阻碍“圣工”的扩展。如已设支部之处，立职之权归支部不要由总部包揽。当然无支部之处仍然权归总部；又如信徒之间的争执，调解无效可向支部控告，而不再向总部控告；如对判决不服，则向总部上诉。
然而这次规章改革，最为重要的是关于总部负责人的选举办法。旧规章是大会推选总负责人一人，其他总部负责人则由总负责荐任，再由大会承认。六大则改为由大会选出总部负责诸人；然后再由这些负责人，互相票选一人为总负责。据说是为了“庶免总部因总负责一人之过，而使总部摇动，波及于全教会发生了疑念。”又说是：“这不过是作个将来的预言，也免将全责尽托在总负责一人之肩上，并且总部也不因一人之进退而受影响。”实际上这完全是针对张巴拿巴的专权的，是后来导致开革张巴拿巴的本质原因，见后述。
这次大会选出的总部负责人为：总负责：张巴拿巴；负责人有谭配得、邓天启、高路加、罗喜全、张撒迦等六人。
此次大会改定的规章，对于总部及支部的组织及事务分管责任，都有了明确的规定。如，由总部的具体事务决定成立总部五系：总务、财务、学务、会务、报务；各系设一负责人；支部则设庶务、财务、会务三股，各股设负责人一。“在办事上得明其界限，不得糊涂作事了。”
全体大会为最高权力机关。
对于差派传道人、出版刊物、开设神学会都放松了总部的控制权，各地均可自由兴办。
在这次大会上，特别重要的新设机构是“代议员会”，即监察机构。见下章。