据《卅年专刊》，一九四六年的三月十八日，社会部部长谷正纲签发组四字第一二三四四一号训令，谓：“所有各直辖团体如迁移京沪各地者应先呈准，再将迁移地点及通讯住址报部备案”。这个训令还单独发给了真耶稣教会一份，以“令知该会”。
九月一日，总会迁回南京，到了景贤里二十四号。但会场狭小，又遇介寻堂强征会址，于是在九月十八日又向社会部申请迁上海，社会部常务次长黄伯度代签发京组四字第零零七八六四号指令，准予真耶稣教会总会迁上海极司非而路四十三号，并在“南京洪武路北口景贤里二十六号设通讯处。”
到上海正式办公时，九月二十二日，总会发布了总字第NO.00035号通函，“一体知照”，其文如下：
“事由：为通过总会复员来沪，已蒙社会部批准，现已正式办公，即希一体知照由
阿们哈利路亚奉主耶稣名函达各支部本会长执同灵道鉴：溯自客岁抗战胜利以来，总会即拟复员京沪，唯限于交通工具，迟至本年七月下旬始有吴理事约翰、董秘书玉林连袂离渝来京主持工作。第以会址一时不易寻觅，难收人员集中之效。乃呈请中央社会部准予迁沪以利圣工之进展。蒙主祝福已获批准。该指令于九月二十日已送达总会。自下大局已定，工作即将展开，望各同灵为总会同人时常代祷，俾收圆满果效。自即日起，总会已开始在沪正式办公，此后所有对总会之呈函及总会经费请一律寄上海极司非而路四十三号为盼。专此通函即希一体知照是荷 愿天父的慈爱、主耶稣的恩惠、圣灵的权柄能力常与你们同在，阿们！
真耶稣教会总会常务理事
郭多马 魏以撒
张撒迦 蒋约翰
吴约翰
秘书主任 董玉林”
十一月十五日召开的第九次理监事会就是在上海极司非而路召开的。但上海会所地点更为狭小。在第九届理监事大会上，表决了重新在南京建造总会办公处所的议案。各地支分区会所皆能一齐响应。但刚刚经历大战，奉献力量还待复生。在一九四七年元日又重新迁回南京，但“有父神早已预备的鸡鹅巷地方作办公处所。这原是在民国八年（一九一九）开办的一处会所，又是昔日中华真耶稣教会总会的会址”。前后三进，前进有三间办公室，中进有可容百余人的会堂，后进有八间楼房。总会迁此，董玉林禁食接洽，“曹英华（曹光洁的续弦夫人）得启示说：要接受民国六年（一九一七）的真耶稣教会才是真的。”在这里召开了三十周年纪念大会、十一次全体代表大会，并决定发行《真耶稣教会卅年纪念专刊》。
总会的英文译名为：
The General Assembly of the True Jesus Church
其中教会一词用Church而不用Mission。《卅年专刊》以为Mission一词是中华协进会所译，有“差会”之意。意指由西方传教会差遣而来设立的教会。英文版《圣经》中，教会都用Church而不用Mission一词。不过，强调用Church而不用Mission，很可能是因为内部的派别之争,见后述。