据《真耶稣教会圣灵报》第一卷第一～三期，在一九四七年召开的第十一次全国代表大会上，江苏支部代表史提多报告说，江苏支部是由上海教会进化而来的，一九三七年“事变”，沪会之会堂与总部之房屋同毁于炮火，教友多散避各处”。但“迄今（一九四七）十年，增设教会及祈祷所约有卅余处，信徒数目增加一千余。主又帮助我们办了一些小小的事工：如上海之救济部、会闻月刊，以及最近在常熟开办的神学讲习会，得了工人十几位……战争期间本支会受敌人逼迫，有被关禁者，有被驱逐出境者，有被杀殉道者……。”看来，其中必有许许多多的事件，可惜史提多的报告太简单了。
下面就能找到的资料介绍如下。
南京
由于笔者找到的资料残阙不全，《卅年专刊》又无系统介绍，目前所知仅只个别事件。
一九四七年第十一届全国代表大会上，南京特许代表李子敏的报告中只有两句话涉及到这个历史时期，谓：“沦陷时灵胞逃至安徽高庄辅助工作，其中又联络安徽店埠本会。”
《卅年专刊》记载了南京陷落前廖明华逃离南京，其子失而复得之“神迹”。
“余（廖明华）因违抗父命，得罪真神，于抗战初年饱受苦楚，素来不依靠神，总相信世俗的朋友是真。”在警报声中，廖明华和朋友离开南京到安徽的宣城避难，谁知宣城反而先于南京陷落，一路逃奔不知如何是好。而她的朋友大改常态。先迫廖明华之妹来京，继而又因其母小脚不能奔逃，坚决不肯留钱留米给养。走不了几里路即弃廖明华及其小子于不顾，说是大难临头，各自逃生。但他手还有廖的二百元钱，问他要，只往地上掷了五元钱，说从此断绝关系，不必往来。我家六口都在这里（其实还带着三个男佣、一个女佣为其背负行李），死亦无憾。你带你的孩子别图生路，不必纠缠。廖明华无法，只得分手。此时，天色已晚，炮火连天，又饿，已经无法背负小孩。于是雇一挑夫，一头箱子，一头坐小孩。连过三条小河，挑夫越走越快。廖以为必定就在前面等候，尽力追赶，结果不见踪影。而掩护队迫令难民走围埂，不走围埂难免与敌人相遇。哀号遍野，惨不忍闻。廖明华已经精疲力尽，专等死之来临。但一想孩子还在前面又奋不顾身的往前乱闯，一会儿滚到水田里，满身是水；一会儿从高坡上滚下来，也不知疼痛。闯到芜湖铁路边时不觉昏倒。恰巧朋友一家六口加上男女佣十口人也到了这里。女佣忽觉脚下有人，朦胧中知是熟人，灌开水，燃芦席为火，廖始苏醒。朋友骂她无能，说她的三岁小儿肯定是在下午四点钟渡江时炸死了；因为当天下午有两只渡船被日机炸沉，死万人。廖听说之后心痛欲裂，乃决心靠神，痛悔前非，终日终夜祷告，不吃不睡，为的是向神要回独生子。每天走六十里，一到十字路口就贴字条找小孩。有时走过去，又走回来。听见别人小孩的哭声就以为是自己的。走了九天，到了安庆。忽见从前的同事桑先生，一见廖明华就跪地而拜。廖急将其扶起，问缘故。说是：“于离芜湖五里之内遇见（了廖明华的儿子），旋弃箱子（箱子内皆重要物件）负小孩至江边搭帆船，搭上了五十七师某连之船。当时连长谓三船一连，齐开安庆，汝来余船喝酒何如。吾因贪杯误事，不料连长之船勾上了小火轮，一晚即到安庆，今已九天矣。闻小孩之船已翻，请你恕罪。吾年已卅八，仅生一女，愿送给你，以减罪疚。”瘳明华此时知道孩子坐在帆船上，或者还在世上，于是好言劝慰桑先生。廖即到江边守望关口，同检查哨一道工作。检查哨检查一船，廖即问船上有无小孩。船上的兵见全问小孩，就以为廖是疯子。用枪逼着，说再叨问，马上枪毙。而廖早已将生死置之度外，一共问了三百五十余条小船。到第二天晨八时左右，太阳东升，廖身上的白霜都见热化去。此时见一条船上坐着一个青年，唱着梅花三弄，知是湖南人。廖明华照样访问有无小孩。这个青年人姓张，名德清，在五七师任连副。闻言很客气，就问小孩的衣饰、形态、姓名，好象知道下落的样子。瘳即一一告知。年青人问完，忽然大声喊道：“华华，你妈在这儿！”随即从舱中把小孩抱出。小孩一声大哭，周身发抖，廖亦喜极悲来，以为是梦，不觉昏倒在地。桑先生听见跑过来抱住小孩，并请人给廖灌开水。廖明华耳边只听见有人说：“你的小孩真的在这里，不是做梦。”廖当然要“感谢我的活神恩主”。睁眼一看，小孩满面红光，一身整洁，一丝也看不到蒙难的痕迹。廖明华连忙向张连副，还有一个上士刘一鸣致谢，操办鱼肉请吃便饭，张刘反送给小孩三元钱，依依不舍，留下姓名地址，一直护送到九江，才分手。廖明华母子登上最后一条难民船，平安回到湖南。小孩后就读于金陵大学附属中学，名志诚。廖明华“不但小人算是失而复得，即余（指廖自己）为浪子，亦从此不敢再离天家矣。全能之神，又是慈悲之神，只要你向他哀求，没有一样求不到的。愿荣耀权能永远归于我们独一无二之真神，阿们，哈利路亚，阿们！”
《卅年专刊》载李子敏撰《南京分会历史》提到这个期间的南京时说：“至（民国）二十七年冬，事变，会众星散。待逃难回来，会众会面时，均感谢主恩云，出也蒙福，入也蒙福。同时有一位蒙恩人，每逢安息日，无论有多少人，均招待中饭。又一人，深恐养成吃饭的教友，提倡月捐、乐捐、感恩捐。本着公共的办法，请传道士专为牧养。在过度（渡）时代，南京教友分为三派：即城南、城北的、城中的。有人开诚布公将信徒皆联络合而为一。”从民国二十八年（一九三九）起，南京分会一直是在景贤里廿六号戴选民的家里拜神，直到一九四七年的元月。
这是《卅年专刊》唯一的一条关于抗战期间南京真会概况的记载。
但南京在一九四一年秋季召开过一次灵恩大会。只是不知道更多的情况。
在这个期间，南京真会发生的另一个重大变化是曹光洁长老的变化。前面提到过张殿举被开革之后无地自容，于是拉拢曹光洁，自民国二十年（一九三一）至三十年（一九四一）两人同工；曹并帮助张殿举（巴拿巴）在南京鸡鹅巷建立“中华真耶稣教会”。《卅年专刊》又记：“迄民国三十一年（一九四二）始大悟前非，乃毅然将中华二字取消，改为荣耀耶稣字样；将总会之字取消，改为分会，完全与原有景贤里本会合作。立志脱离张殿举之辖。与一般执迷不悟者、后归者、犯罪不改者比之，实有天渊之别也。”
曹光洁家道小康，略有财产。其先夫人为之生二子一女，皆受大学教育，家况亦优。其继配夫人为曹英华，一九四七年时仍然健在，只是双目失明。“但每夜在圣殿祈祷事主实所罕睹。此皆曹长老富于治家，深于爱主之表现也。”
曹英华对《卅年专刊》关于曹光洁的评价中“迄民国三十一年始大悟”一语认为未确：“因长老对张氏谎言、夸大、诈语之不服，时私向余言及。初盼张氏悔改也，终见其顽梗不化乃至三十一年乃彻底脱离之耳。”又说：“曹长老向来不以口谗谤人，亦不判断某人为绝对不好，且常劝人纪念他人之长处。此即外人以为曹长老真服张氏之原因也。”
《卅年专刊》又记了南京的一件神迹奇事。这是王选民代为作证的。山东青州府寿光县人王光庆，时年三十三岁，因逃难到的南京，住在丰富路。在民国卅四年（一九四五）的七月间得疟疾病，甚重。当王选民在其邻人郑光义先生门口讲道时发作，当场按手祈祷，立刻就好了。以后也不再复发，“乃真信了活神”。
常熟
一九三七年的十月间，日寇侵及常熟全境，教徒们东飘西散。敌寇陷城，会堂全部焚毁。到一九三八年的一月，黄季英（彼得）、瞿砚臣（哥尼流）两位执事回家，各信徒陆续归来，即召集各教友聚会，在西言子巷十三号租为会堂。“蒙主恩典，每安息日聚会”，人数也逐渐增多。一九三九年元旦，职务会议决，仍然迁到北仓基四号瞿宅，借正间为教会。此时蔡尉文常到常熟来帮助。后因人数增多，正间不敷应用。瞿执事把其他四间也改作会堂。“那时灵恩大开，甚至疯子治愈，如周婉如、吴顺金等等；还有瘸子行走，如朱恩惠。因此各信徒见此神迹，信心大大坚固。慕道者渐多，一年之中受洗竟达九十七人。内有虞北百龙港乡之朱金男子狗男因被魔缠扰，及李家桥乡李生男子红红亦被鬼缠扰，当时即请教会求治。因此灵恩发展虞北，设立祈祷所。于李家桥李生男家蒙主恩惠，人数也渐渐增添。”后成立了虞北区会。
一九四零年五月，黄彼得执事迁居苏州（又有记载作一九三八年），“将属灵的种子带到苏州，蒙神的恩惠，圣灵在苏工作，亦有老会教友加入者，在苏亦成立祈祷所。
一九四一年二月，常熟召开灵恩大会，“蒙主恩典充满”，甚至有尼姑前来听道。这次受洗的有二十余人。其中有虞东王市乡长老会信徒六人慕道受洗。“回乡后也守主安息日，圣灵帮助他们，使真道大大发展。于十一月中成立祈祷所。受洗者亦很多。”虞西王庄街杨祖根亦经叶太太介绍到城里“慕道归主”。因为到城里来太远，就在杨宅设立了祈祷所。
当时由于有信徒归天，一时无处寻觅坟地。由瞿哥尼流执事捐了一块坟地，在虞北天庭心。
到一九四三年，北仓基房屋变迁，难觅相当之地。瞿哥尼流执事遂将五福街住宅内的地皮奉献一部份建造会堂。“在春季灵恩会并献堂典礼时，在此灵工亦极盛，神恩大大降下。会毕后，本会有一信徒叶金氏，忽患时疫病症。人已死去，棺木吹手办齐，即到会请至家祷告。经屡次祷告后，恢复如常。这是一件极荣耀神的事，感谢主恩！”
到一九四五年，常熟分会反倒“衰弱”了。这是因为这一年的春天虞北成立教会，凡虞北信徒都归虞北“牧养”，常熟分会聚会人数大大减少；再一部份人因为当时生活指数过高而出外谋生，人数又减少一部份；再加上一些心灰意冷的人不来的也不不少。故而教会变成“冷淡和衰弱之状态”。四月，召开灵恩大会，总部派蒋约翰执事来常熟帮助。这次大会后设立男女执事四位：男朱松其、张西拉；女任赵明、陈龚月林。
虞北教会
李家桥在常熟东北角约三里许，有数十户人家。西面为闻名遐迩的虞山；东南面数百步即常熟名产叫化鸡的制造所王四酒家。名胜名产集于一地。“再加上救恩的来临（指真会传至于此）”，《卅年专刊》以为“那真是天上和地上的福都有了”。
一九三九年的九月，一位虞北百龙港乡的妇人朱金男“因病信主耶稣，得了医治”；其子狗男因“被魔鬼缠扰”也“得了医治”。之后，向当时李家桥的“正被魔鬼缠扰不休”的李生男（后改名李知忍）的儿子红红作见证，治好了红红。在李家桥引起轰动。不到半年，“救恩在李家桥开展”。相继接受真耶稣教会的有张金海、徐坤霖。于是李、张、徐三股合成一股，共同努力，“为主努力圣工。并大显神迹奇事，如死人复活、瘫子行走，如各样疾病藉祷告全治的显明出来。风声所布，远近震动。”把北乡（俗呼李家桥为北乡）增加了不少热闹，“福音”就渐渐兴旺起来。不过虽然聚会时有一二十人，但初受洗只有四个人。一九三九年，蔡尉文驻常熟“牧养”，也就到了北乡。在李生男家讲道，信者受感，“选民”也就愈聚愈多。过了一年，在一九四零年的九月，在李生男家中正式成立祈祷所，同时推选了四位负责人：李生男（改名知忍）、李三男、陶银根、朱生男。“并抹油祝福，祷毕，全体摄影纪念”。
到一九四一年，因“福音广传”，信徒数量日益增多，祈祷所无法容纳。在秋季灵恩会之后，蒋约翰执事建议购地建造会堂，“众灵胞”立即响应。王亚该古执事开捐，得储币一万六千元。在兴福镇西面徐坤霖住宅附近购地约二分。“各同灵弟兄亲手做工，（圣灵同工鼓励，曾使徐甘霖见九次异象，一一都应验，故建堂顺利捷速）不久告竣。”从一九四三年的二月开工，到四月十四日行新堂奉献礼，共费四万余元，尚欠二万八千余元。又再次开捐，“结果，主恩丰盈，超过所求所想的，园满闭幕，荣耀主名。”从此改称为虞北真会，立张金海为执事（改名拿但业），又立徐坤霖为执事（改名甘霖），与李知忍执事“同心合意，兴旺福音”。
苏州区会的成立
民国二十七年（一九三八），常熟本会黄彼得（季英）迁居苏州，在东中市一九三号开服装店。业余时间曾到自立会去“见证真道”。当下有秦耀钦和於约拿两位“听道受感，接受圣灵要道”。随即在秦家设祈祷所。信者逐渐归入，合成一群。到一九四二年，秦耀钦夫妇“先后蒙主召归天家”，祈祷所才迁到黄彼得店中。一九四二年十二月二十七日凌晨三时半，黄家一场大火，不及抢救，烧了个精光，只存《真耶稣教会》会牌一块及铜铃一个。一九四三年二月十一日，黄彼得新屋重建告竣。随即召开信徒会议。与会者有黄彼得、於约拿、吴雅仪太太、顾克林太太、黄约翰及顾尼哥底母六位。在会上黄彼得报告了蒙难经过，又将会计交出存款八十四元一角：并说灾后没有会所，常与自立会联合礼拜。此后怎么办，应由职务会议决。结果议决祈祷所恢复，仍在黄彼得的家中继续聚会。
盐城
盐城的真耶稣教会成立于一九三零年，已见前述。到一九三八年春，时局忽然紧张，教会的柱石李铸东一病不起，长辞人世，“灵归天上，永享安息了”。后来盐城屡经日机轰炸，楼台殿阁，大都变成灰烬，一片废瓦颓垣。“主的选民”大受打击，纷纷外逃，散居乡间。幸亏江苏支部派传道士王亚该古来到盐城，在飞机大炮的轰炸之下，奔走四乡，联络“同灵”，“把主的羊群，散而复聚”，并把施家舍的祈祷所成立为教会。
一九四二年，上海的孙道基奉差遣（奉总部还是江苏支部之差，不详）也曾到盐城工作。
上海
相关记载，所知者如下：蒋约翰上海真会历史一文只及于一九三四年，以及一九二五年《万国更正教报》第七次三版上所载小沙渡周福源的一封信函。此外，则有前述《会闻日报》事件的相关记载。再无专门记述。因而得窥上海真耶稣教会的全貌是很困难的。现在还能找到与上海有关的记载只有一个人物——孙竹林。他的活动不全在上海，但主要的是在上海，所以放在上海叙述。
孙竹林，《卅年专刊》载一九四三年江苏支部几个人为之撰《行述》一篇，又作孙竹霖、孙道基，圣名腓力。综合各处记载其平生概略如下：
一九二二年，张巴拿巴到上海参加中国基督教大会，在闸北长安路布道，住了两个月。五月间返湖南，赵靠主一同前往。赵在长沙住了三个月，回沪“专事为真理作证，因此结了好多的果子”；孙竹林即其中之一。一九二三年在斜桥与赵靠主共同负责教会，此即沪西真耶稣教会的开始。一九二四年，和赵靠主作为上海斜桥丽园教会的代表参加在长沙举行的第二次（后改称为三大）全国代表大会。一九二六年三大（后改称为四大）为江苏上海代表。《卅年专刊》《行述》谓其“自从在申得了真道之后，就为福音力战，建设本会。于沪东倍开尔路瑞福里，经第一次神学会之栽培为教会服务，作为吾人之矜式……。”查一九二六、一九二七、一九二八总会三次神学会均无孙道基之记载，而在沪东倍开尔路瑞福里之神学会，乃总会第二次神学会，不是第一次。《行述》有误。一九二七年四月一日《万国更正教报》第二次三版记载：“近年立另拣选孙竹林执事虔诚事主吃苦，屡次禁食至二十一天之久。”大约在这期间（准确时间不详），孙竹霖在沪东担任领导。受八巨赵拿但业、王腓力的邀请曾到八巨帮助发展教会，受大洗者念七人。
一九二八年，孙竹霖到北京去帮助教会，不料受孙永年（彼得）的迷惑，去而不返。《行述》谓：“道高一尺，魔高一丈，因此撒但要利用他受孙永年之迷惑，在冀在闽六年之久，旷废主工。这是（江）苏支部最大的损失。”“然而主不丢弃，经闽支部同工们和郭多马长老之劝戒，忽然醒悟已往之错误，立时悔改。与郭多马长老同来上海参与大会（哪次大会，不详）。又见代表之热诚非常兴奋，从此仍与我们为福音齐心努力。经上海职务会复其工作。为道奔波，一如往昔，吃苦耐劳颇可为吾侪之模范。”
一九四二年，“奉差遣到盐城工作，因为地方不宁，满途荆棘，但仍不畏难苟安。努力奋斗，东跑西奔。”终于积劳成疾。先是身患泡疮，无有完肤。次染哮喘与咳嗽，一病不起。见势不好，抱病在申休养。有人建议延医诊视，或进医院疗治，他均不许。他的去世，江苏支部为之撰《行述》一篇，说他“靠主之心颇坚。有一次他在异梦中，好似属灵的聚会，在杨太太府上。有两位天使进来，立时满室光耀辉煌。这两位天使进来就是不讲话。孙先生对天使说真神差遣你们不是为传话的吗？你们怎么不说话呢？此地用不着你们。这二天使立时退去。又一天使进来，非常会讲话，并且讲了很多的话。然后对他说：‘你的事亦已决定，等候主的旨意一到，马上就解决了。’经此次异梦后二三日（即本月十四日下午二时。－－应为一九四三年元月）盍然长逝，蒙主恩召矣。
他的工作已尽，当跑的路跑过，所信的道守住，美好的仗打过，故无遗憾。从此支部又缺少了一位有力的工人，乃是本支部莫大的损失，愿吾同工们进起直追，作他未尽之工，阿们！
江苏支部同人谨识卅二、一、十五日”
在这个历史阶段江苏创建的分、区会，据《卅年专刊》统计表，有：一九四四年五月，纪道成创建常熟分会。一九四五年一月，李知忍等创虞北区会。一九四一年四月，周根兴等创虞东区会。一九四零年，叶广清创宿迁县北晓店集西三张庄区会。
祈祷所则有一九三七年九月创建的盐城北洋陈家井祈祷所，创始人不详。