一九三八年武汉真会信徒集体逃难。载《卅年专刊》。
当武汉危急的时候，当地国民党政府作有计划的撤退。当时真会在武汉已经有了庞大而统一的教势。在武汉举办首届七七纪念的时候，各个基督公会都聚集在武昌的三一堂。开会时，其它各公会只坐满了会堂的三分一的座位。而真会信徒着清一色的洁白细麻衣，带着青纱，进入会堂，依次落坐，坐满了剩下的三分之二会堂，连过道也都站满了人。引起各界的注意。大会也请魏以撒上台，担任为伤兵、难民祈祷的节目。大会结束以后，有一位素不相识的钟可托主席要请魏以撒吃饭谈话。而当时，武汉真会全体会众正在禁食三天为国祈祷，遂改于七月十一日在汉口招待。钟可托先生是一位基督徒，正在赈济委员会当处长。他提倡真会可以集体逃难，可发救济费及给予运输方便。到达目的地以后可以成立各种合作社自救。向湖南或者陕西都可以。如不参加集体逃难，自由行动的可以先发难民证。《卅年专刊》于“陕西本会史略”中又记作“政府强令人民向后方移动。”
有了这样的鼓励，遂召开武汉长执联席会，一致同意集体逃难。湖北支部印发了三种表格：㈠自由行动；㈡集体逃难；㈢决心不离开武汉。发给“灵胞”们填写。当时武汉信徒有三千余人，登记集体逃难的有一千多人。填表以后，钟可托先生又介绍中国工业合作协会专员英国人艾黎先生接洽，嘱咐作各种合作社的计划书。李路加、黄伯炎、刘基甸、蔡马可等十余人就在汉口黄孝河开始办公，统筹办理集体逃难事宜。同铁路局交涉拨给车辆，同意给三辆专车，由汉口直达宝鸡，外人不得上车。当时选择宝鸡，还有一个目的是挑一个没有真会的地方，好去开拓。蒋介石还发给了免费运输的证明执照。由赈济委员会、新生活运动总会及妇女指导委员会共同发给临时救济费，每人平均四元左右。这在当时情形下可以算是相当不错的了。
最初也曾打算到湖北房县，由李路加、容马大带领了三十六个人先走了，后来时局紧张，还是到了宝鸡。“圣灵也允许我们去宝鸡”。后来，日军未能到达宝鸡。
出发时，赈委会、工业协会在汉口的民众教育馆点名，报到的一千多人，带了家属、家中所有，编成队伍，佩戴番号。
汉口方面的硚口分会由王胜霖执事领导，人数占了五分之一；横堤分会由姚雅歌领导、黄孝河分会由黄伯炎领导、汉阳分会由陶永生领导。武昌方面有范亚伦、胡哥尼流、鲍执事、卢约翰、王亚伯、王冠军等。总领队是范亚伦和黄伯炎。
关于武汉“灵胞”集体逃陕，后来黄伯炎作了一篇见证。从武汉到宝鸡的历程如下：“在武汉危急之时，蒙神感动以撒长老智慧，劝化本会三镇教友集体逃陕，不作顺民。愿来登记造册共计七百余民。呈报国府派员点名无讹，指派列车抵宝，并由军委发给特种护照，免费输送。又蒙神恩感动蒋夫人及黄仁霖公和赈委会特派员钟可讬公，致函大智门站长派车护送难民至宝。伯炎承奉长老所差，当兹匆促之际，忙将公文以及国府护照领下上车。乘车九日未见飞机，奇妙。帷沿途窥视前车被炸，后车又毁，何以我辈难胞数百人家口等物，堆积站台两天不见轰炸，足以证明我们所信又真又活的神指示，魏长老亲口向伯炎说出预言：‘我们灵胞在车上，一天未过信阳，信阳不失’。我们在车上六天过的信阳，第七天信阳失守。这话前一月说的，可见主耶稣亲自领导保护他的大军了。抵宝之时天雨连绵，四月之久，泥泞不能立即展开计划。而数百人在宝只领赈委会和县府共计四十天的给养，以后自动不领，各谋生活。”
在出发前一个月，魏以撒打发其夫人牛美灵和牛西拉先到了宝鸡。但当大队人马到宝鸡县政府时，赈委会竟无人过问。经牛美灵交涉，才发下食粮、安排住处。并向中国工业合作协会为难胞交涉贷款各样事项。
魏以撒因为要在武汉预备生产工具，就没有同行。不料战事日益紧张，铁路中断，购买印刷、缝纫和织布的机器均未能运出，损失不小。武汉日趋混乱，家家关门闭户。水电粮行没有了，车船也没有了。买了飞机票，十月廿一日接到通知退票。一个挑夫也雇不到，只听大炮隆隆。“只有切心祈祷，圣灵仍允许能飞出汉口。”于是又再找航空公司，公司都关了门。“在人看已没有指望了，但父神在半年前就预备了一位陈立三先生，自称福建人，其兄为本会传道。乃接到家中食宿，半年之久。谁知是为今日预备的。”在武汉危急的前二十天他先走了，不料于廿四日在凄凉无人的马路上相见。由他介绍得以在中国航空公司补了两张票飞武昌。廿五日晨，乘车往机场，蒋介石携宋美龄、黄仁霖等五人又把飞机征用了。公司人要魏以撒等回去，说：“今夜已飞过四次了，这一次恐不能回来了。”“但圣灵叫我们明白他的一个‘恐’字也许能回来，仍决心不走，切心祈祷，果然回来了。”于是同中华慈幼协会总干事陈铁生、王化一一同坐了这最后一次飞机飞出来了。随即机场自行炸毁，武汉三镇一片火海。二十六日，日军进占武汉三镇。
而魏以撒飞出武汉以后，没有立即到陕西，而是在恩施等地开创教会、安排湖北支部，同蔡马可、刘基甸、王重光等在川鄂两地住了一年之久才到陕西去的。
魏以撒飞出武汉先到的宜昌，在宜昌小住。但魏以撒在宜昌是否进行过什么样的活动，未见记载。又到了恩施。湖北支部也到了恩施。蔡马可、刘基甸带着支部的公文印信到了恩施。湖北省政府也迁到了恩施。
恩施真耶稣教会的开创
《卅年专刊》说恩施有国民党政府办的第二荣誉军人教养院，王重光任训育主任。王重光接受真耶稣教会，后来在《真耶稣教会圣灵报》第一卷第六期上发表的《真耶稣教会命名之赘述》一文中，曾有追述。说是在一九三七年的元旦早晨，其妻杨才芸抱病沉重，中西医药，均无效验。欲求太虚法师符水以治，却有同事姚兆祥介绍给了也在汉口的魏以撒。途中认出三年前在姚某家宴上“曾经会晤过一次的真耶稣教会创办人魏保罗的公子魏以撒长老”。到了家中，一同跪下祈祷耶稣为其妻治病。王重光素来很厌恶耶稣的，尤其是不高兴那个真耶稣教会那个名称。但为了内人的疾病，不得不勉强听从。最奇怪的是内人平常隔二三秒钟要咳一声，这次她与魏长老谈了许久的话，还未听见咳嗽一声，心地有点稀奇起来。”之后，黄孝河教会男女教友日夜前来祈祷医治，“不多时，我也不知不觉地就得着圣灵了”。快到四月二十日时跑到武昌真耶稣教会湖北支会领洗，成了信徒。
《卅年专刊》又记王重光在职期间感到中国的荣誉军人太不好训育了，“非用神权大力不能成其功”。就强留魏以撒在恩施工作。起先还有刘基甸、蔡马可两位长老作帮手。“蒙圣灵动了非常大的工，得救的人天天加入本会。没有一天没有受灵洗的人。神迹奇事、医病赶鬼时常见闻。”荣军当中参加其它教派的人很多，有学识的、好道的也很多。平日不事生产，不务工商，亦不务农，连家眷都有国家的给养。于是开了四个多月的神学，每日早晚、上下午四次聚会。把圣经大纲、启示录、但以理都讲完了。十二标准要道、约柜、三段灵程都是在恩施“从圣灵所领受的新教材”，雅歌全本大意都讲完了。学员四十余人，从不缺课。教材油印是张理朝。早晚连聚会的人有一百廿人以上。“他们都有亲眼看过、亲耳听见、亲手摸过的实地经验。”
恩施的发展对于湖北支部产生了不小的重要作用，培养、涌现了不少人才。而后来日军侵及恩施，教养院又迁到四川的南溪，对南溪真耶稣教会的发展又起了很大的作用。恩施则“只有石突活、徐提多、余灵盘等支持危局；有王永生、胡志鸣二执事协助工作。”
省政府迁恩施，支会也迁到了恩施。想召开支部代表大会，因交通梗塞，出席者不足法定人数，未能举行。但胡志鸣还是筹建、监修会堂一座。
在日军即将侵及恩施、荣军教养院已经西迁四川南溪，恩施已经陷入停止状态的时候，在恩施有一个非常重要的人物接受了真耶稣教会的“真道”，成为重要信徒。这就是石瑛（蘅青）先生。
石瑛曾任南京市市长、代理湖北省主席、湖北省参议会议长。“中国一代的闻人，党国的柱石”。抗战期间在恩施患恶性虐疾。这是他的老病，年事又高，万分危险。在西人所设第一流医院中就医，天天打针吃药，受尽了痛苦，但仍不能治愈。以后，日益消瘦。卧床不起二十余日。家人、朋友眼看无望，都准备了后事。
有一天，一位姓王的护士问他：“你觉得医院对你的病还有更好的技术或良药么？”石瑛说：“我一点也想不出了。”王说：“那末你听说过有个真耶稣教会没有？”石说：“没有！难道真耶稣教会就能医治病么？”王说：“能的。从前家父在武昌高等法院作事，双目失明，就是在真耶稣教会祈祷好了的。”石瑛遂同意请真耶稣教会的人来祈祷。
第二天，人到了。石瑛一看，其中有他的侄子石维新长老。另外还有徐提多、余志强几个人。石瑛就问他的侄子入了真耶稣教会怎么没跟他说起过。石维新说：“议长信仰佛教二十多年，吃斋念经，修庙布施，外号都跟你叫和尚，谁还敢给你讲道啊！前年我们魏以撒长老本叫我领他去给你讲道都被我拦下了。现在你既相信，我们就为你祈祷好了！”于是把一个老教会办的医院就临时变成了真耶稣教会祈祷的所在了。
“第一天祈祷了他就很安然地睡了，精神很好。
第二天祈祷了，他就能下床活动活动了，并想饭吃。
第三天又去祈祷，可了不得了。圣灵就在医院中降在了他的身上。他跪着跳起大说方言，很久才止。从此百病皆消，冷热全无，以至全医院都震惊了。
第四天就出了医院回家了。”
石瑛信主，倍加虔诚。舍弃佛教皈到“真耶稣的名下”。发动建造会堂，由胡志鸣监工完成，可容纳数百人。
由于石瑛影响面大，他的行动就造成了相当大的反响。在恩施，由于荣军教养院迁往四川而形成的冷清局面又重新燃烧起来，特别是那些留在恩施的“灵胞”们。会堂的建造加强了湖北支部的力量，远在房县、竹溪县的真耶稣教会受逼迫的时候，就得石瑛的助力不小，得以平安传道。而湖北支部在省政府的立案手续也就不在话下了。
石瑛在病好“皈真”以后，曾撰感恩颂一首，照录于下：
“感恩颂
恩主耶稣，我真感谢。你赐我的恩，有加无已。我的病消除，我的罪赦免。脱去旧人，穿上新人，从今罪恶不沾染。换掉肉体，得着灵体，更有何疾病纠缠。我的道力增长，不是靠我，全靠我主的恩。遵守诫命，坚定信心，我主教我处处自勉。我主领我，我跟我主一步一步走到天父的面前。哈利路亚，荣耀归我主，无量无边。
石 瑛敬献
中华民国三十年十一月二十八日”
石瑛虽然“皈真”，但在赞美“我主”之时，却又用上了佛家用语“无量”、“无边”。这或许也是一种基督教中国化的一种表现吧！就石瑛而言，西方的《圣经》不可能不与他已经固有的佛教教义、一些儒家影响相结合而中国化。
宜昌
一九三八年武汉失守，“宜昌假撤退”，教务推进颇有阻碍。一九三九年夏，宜昌又被日军侵占，大部份“灵胞”不得不同政府一起西迁。少数留下来的“灵胞”，因为原有的两处教会被划入了军事区，不能进入，遂在中书街租了一栋房子，“权作拜神祈祷之用”，直到胜利时为止。
房县、竹溪真会则是武汉集体逃难时一部份人前往设立的。有女传道士荣马大，曾吃了不少的苦楚：打骂，乃至于下监。但始终有张德义长老同赵马利亚作她的帮手。
沙市
一九三八年，国难正殷。沙市负责人王永生执事奉命西上，又派郝会、秦（？原复印件不清）明光到沙市传道。在敌机的狂轰滥炸之下，沙市教会的一切都进入了非常状态。但明光毫不灰心，艰苦奋斗，争取胜利。“感谢主恩，始终保存本会”。后来房屋被划为军事区域，遂改租崇文街一零六号，卍字会的房屋，直到抗战胜利。
簰洲，则是在抗日战争胜利以后才开始有真耶稣教会的创建。
抗战期间湖北，据《卅年专刊》统计表，新建分区会有：一九三七年十二月，韩学志等创韩家场区会。一九三八年，五月容约瑟等创招贤乡区会。十月，王亚拿创金口区会。当年，王永生等创巴东分会。一九三九年，鲁信真创姚湖区会。创叶王家边区会；创始人不详。一九四一年，创九牌洲区会，创始人不详。一九四二年，十月，黄以利亚创公安区会。当年又创黄渡沟区会，创始人不详。一九四三年，张约伯创李家港区会。同年，彭见真创彭家边区会。
新建祈祷所有：一九四三年九月创公安恒德垸高家嘴祈祷所。一九四五年五月又创巴东朱家店祈祷所。两处祈祷所创始人均不详。